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完整版Ptraj分析脚本:一网打尽Protein

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发表于 2011-5-3 17:25:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
奇怪,之前上传过一份,后来发现竟然没有上传成功。
这是利用AMBER 中Ptraj 模块分析Protein-Protein, Protein-DNA, Protein-RNA H-Bonding 的输入文件,
它是建立在Protein-DNA H-bond分析输入文件的基础之上,首先感谢该作者的贡献。
编写该输入文件的动机来源于本人研究的是Protein-RNA 相互作用, 搜索了一下,网上没有直接针对该体系的氢键
分析脚本。修改后的输入文件原则上可以用来分析Protein-Protein/DNA/RNA H-bond形成情况。具体用法详见
该文件中的注释部分!
虽经反复测验,但错误难免,感谢大家踊跃交流与讨论!
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发表于 2011-5-4 08:21:00 | 显示全部楼层
谢谢分享,
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 楼主| 发表于 2011-5-4 11:13:00 | 显示全部楼层
2# pan
呵呵,,大家相互学习嘛。
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 楼主| 发表于 2011-5-4 11:26:00 | 显示全部楼层
AMBER PTRAJ 的确是一个分析H-BOND 动态变化的非常棒的工具。
但是其输入与输出有点变态,得注意了,具体是这样的:
1. donor mask and acceptor mask原子 并不是我们一般所认为的质子H供体、质子受体,而分别是指电子对供受与电子对受体!!
2. 至于AMBERdistance and angel cutoff, 我可以下个定论:distance 在这里是 供/受体中heavy atom 间的距离。即:D——H ------A 中 D与A的间距, 而非质子H与A之间距;
3.angel 在ptraj 输入文件中 指的就是D——H -------A 三原子角度,但是,在H-bond 输出文件中表示的却是其补角,你会发现,这个补角没有一个是会大>90度的。
哎,真是让人无法忍受。。。
不知道我说的对不对,希望大家批评指正!!!
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发表于 2011-5-5 21:40:00 | 显示全部楼层
4# vip_zzc
第1、2点学习了
第3点似乎确实如此。如果angle设置为0,得到的是0-180度的结果,如果设置为120,只能得到60度以下的结果。不知道amber为什么要这么搞
计算Hbond随时间变化,我是用脚本循环做每一帧的氢键然后再输出到一个文件。不知道ptraj是否原生支持按时间输出hbond数目
AT1.5的ccptraj分析氢键比起ptraj有了很大的变化,donor和acceptor似乎变回了质子的形式,不过目前貌似还不支持指定部分之间的氢键
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 楼主| 发表于 2011-5-6 12:36:00 | 显示全部楼层
5# tales
1.“是否原生支持按时间输出hbond数目" --我个人觉得算H-bond占有率还有意义,反应了H-bond formation 的动态变化。
  论坛里也有如你所说如何计算具体的H-bond数目,看得一头雾水,没有必要吧,意义不大。
2. “AT1.5的ccptraj分析氢键比起ptraj有了很大的变化,donor和acceptor似乎变回了质子的形式,不过目前貌似还不支持指定部分之间的氢键”
  当然可以指定部分区域之间的H-bonding了...在h-bond 分析输入文件中(见附件脚本):
e.g.
donor mask :1,3-32,78,90@O  (substitute it for donor mask :Glu@O)
............................................
............................................
即在准备输入文件时就已指定目标残基/核苷酸 h-bond输出。。
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发表于 2011-5-6 19:37:00 | 显示全部楼层
6# vip_zzc
关于数目和占有率,我觉得各有各的意义吧。ptraj自写脚本出数目也不麻烦的
关于cpptraj,文档里面是这么写的
hbond [] [out ]  [angle ] [dist ] [avgout ]
Search for hydrogen bond donor and acceptor atoms in the region specified by
(currently following the simplistic criterion that “hydrogen bonds are FON”, i.e., hydrogens
bonded to F, O, and N atoms are considered) and calculate the number of hydrogen bonds
formed for each frame, writing the results to the file specified by “out”.
这里的mask只能定义一个区域吧?如果我只想计算A区域残基与B区域残基之间的氢键,不包括A区域残基内部的氢键以及B区域残基内部的氢键,cpptraj现在支持么?我似乎没有试出来
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发表于 2011-5-7 08:25:00 | 显示全部楼层
7# tales
请问下怎么用ptraj直接统计氢键个数啊?能不能分享下您的脚本啊?多谢!
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 楼主| 发表于 2011-5-7 08:53:00 | 显示全部楼层
7# tales
哎,软件更新太快了,ambertools都出到1.5了啊。。
不好意思...cpptraj 没有用过...
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发表于 2011-5-8 10:45:00 | 显示全部楼层
看看学习下
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