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lammps计算rdf和msd

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发表于 2011-1-8 15:26:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
问题(一):最近用lammps计算水分子,分析O-O之间的rdf后发现数据图如下:


按理来说rdf最后应该趋近于一,可是我得到的图像最后却有很大波动不知是什么原因造成的?
问题(二):分析水分子的MSD后,得到如下数据:
50500
4
1
0.0992681
2
0.101115
3
0.095035
4
0.295418
51000
4
1
0.116611
2
0.11758
3
0.106004
4
0.340195
51500
4
1
0.129332
2
0.134885
3
0.119981
4
0.384198
52000
4
1
0.140939
2
0.146149
3
0.130438
4
0.417526
52500
4
1
0.153138
2
0.157386
3
0.142023
4
0.452547
53000
4
1
0.162548
2
0.166537
3
0.151205
4
0.480289
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发表于 2011-2-9 11:52:00 | 显示全部楼层
(二)
505004 表示第50500步,4表示4个msd,即沿着x,y,z方向的msd以及总的msd。这4个msd即对应下面的1,2,3,4.
我附了一个读取msd结果并重新输出的fortran程序,你可以看看。在linux下使用 ifort -o readmsd readmsd.f90编译即可。
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发表于 2011-3-16 19:12:00 | 显示全部楼层
谢谢啊 好东西
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发表于 2011-3-17 23:50:00 | 显示全部楼层
mai de na me gui
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发表于 2011-3-17 23:51:00 | 显示全部楼层
yao ji ge jin bi a
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发表于 2011-3-18 04:01:00 | 显示全部楼层
贡献一个perl程序来处理MSD数据的。是Axel写的。
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发表于 2011-3-25 22:44:00 | 显示全部楼层
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发表于 2011-9-19 10:51:00 | 显示全部楼层
简单,实用。
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发表于 2011-9-27 20:57:00 | 显示全部楼层
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