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大家看看我的in文件模拟碳纳米管

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发表于 2010-12-1 16:47:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我这学期才接触分子动力学模拟,这是我第一次写一个简单的in文件
。没有改变airebo的参数,因为就想试试这些命令对不对。
最后能量并不守恒了,初始是-602.06622, 最后是 -602.04306,是不是就是因为势函数参数没设置的原因?
这个in文件的目的只是模拟一段手性为(10,0)的碳纳米管,输出原子速度和温度。练练手,顺便熟悉一下lammps的操作
请大家帮忙看看,我这样写的in 文件,各个指令是不是有意义,有没有什么更好的建议?谢谢
#cnt input file
units metal
dimension 3
atom_style atomic
boundary s s p
#我想建立在z方向无限长的一根碳纳米管,所以z方向用了周期性边界条件
neighbor 2.0 nsq
neigh_modify every 5
newton on

#create geometry
read_data cnt10-0-10.xyz(
这里输入的是垂直于xy平面的一根长约0.8纳米的碳纳米管的坐标文件,共80个碳原子,此处z方向的长度为0到7.81)
Reading data file ...
orthogonal box= (-3.91444 -3.91444 0) to (3.91444 3.91444 7.81)
1 by 1 by 1processor grid
80 atoms
region rcnt cylinder z 0 0 4 -10 10 units box (
region定义为一个圆柱体,包含了这根cnt,在z方向的长度为-10到10)
thermo 100
pair_style airebo 10.0 1 0
pair_coeff * * CH.airebo C
#define group
group gcnt region rcnt
(将region里面的原子都放到名为gcnt的group里面,但奇怪的是,下面一行提示只有80个原子,但现在里面的原子应该不止80个,
因为我在z方向用了周期性边界条件,region从-10到10的话,原子数目应该比我初始输入的坐标文件里的原子更多啊??)
80 atoms in group gcnt
#initial velocities
velocity gcnt create 300 4928459 dist gaussian
#fix
fix 1 gcnt nve
min_style sd
minimize 1.0e-12 1.0e-12 100 1000
WARNING: Resetting reneighboring criteria duringminimization
Setting up minimization ...
Memory usage per processor = 2.70355 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume
0
300
-383.76935
0
-380.70589
5053719.4
478.71
100
300
-605.12968
0
-602.06622
366602.92
478.71
Loop time of 7.53988 on 1 procs for 100 steps with 80 atoms

Minimization stats:
Stoppingcriterion = max iterations
Energyinitial, next-to-last, final =
-383.769351821
-605.129682485
-605.129684421
Force two-norminitial, final = 422.765 0.0169453
Force maxcomponent initial, final = 69.7211 0.0025692
Final linesearch alpha, max atom move = 0.0078125 2.00719e-05
Iterations,force evaluations = 100 711

Pair
time (%) =7.52156 (99.757)
Neigh time (%) = 0 (0)
Comm
time (%) =0.0114653 (0.152062)
Outpt time (%) = 5.00679e-05 (0.000664041)
Other time (%) = 0.00680828 (0.0902969)

Nlocal:
80 ave 80 max 80 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Nghost:
740 ave 740 max 740 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Neighs:
0 ave 0 max 0 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
FullNghs:
58280ave 58280 max 58280 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Total # of neighbors = 58280
Ave neighs/atom = 728.5
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
#run
timestep 0.001
compute ccnt gcnt temp
dump vel gcnt custom 1 dump.velo id type vx vy vz
run 10000
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发表于 2010-12-1 17:01:00 | 显示全部楼层
你可能需要再了解一下周期性邊界的定義,就算三個邊界都用周期性,讀入的原子數80個,就是只有80個
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 楼主| 发表于 2010-12-1 17:20:00 | 显示全部楼层
你可能需要再了解一下周期性邊界的定義,就算三個邊界都用周期性,讀入的原子數80個,就是只有80個
amoon1130 发表于 2010-12-1 17:01


哦,原来是这样,谢谢了。

那我们做模拟,例如碳纳米管,原子数目一般要多少呢?
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发表于 2010-12-1 17:01:00 | 显示全部楼层
一般來說碳奈米管當然是越長越好,越接近實驗長度,但是基於電腦運算速度不可能模擬到無線長的碳奈米管,從2.5~1000nm都有人模擬
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 楼主| 发表于 2010-12-1 17:34:00 | 显示全部楼层
4# amoon1130
好的,非常感谢!
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 楼主| 发表于 2010-12-1 17:54:00 | 显示全部楼层
请大家帮忙看看我的in文件里的命令,有没有不必要的,或者是有问题的?
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发表于 2019-3-27 16:32:24 | 显示全部楼层
老师还在吗?求一份计算碳纳米管热导率的in文件,刚接触MD。
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