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Gromacs 蛋白质分子模拟相关网站

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发表于 2010-8-24 15:38:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 BSP 于 2010-8-24 15:56 编辑
学了三个多月的蛋白质模拟,下面把所用到的一些分子模拟软件、蛋白质结构相关软件还有教程一并整理出来。基本都是免费的,都有很详细的说明书。有些网站比较难找,,新手可以学习一下。
1、Gromacs分子模拟软件
Gromacs学习手册就不用说了,是最详细的。下面是几个辅助的学习教程
这是两个英文视频学习地址,分别是2004年和2007年发布的
http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/courses/gmx2007
http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/courses/gmx2004/index_html
下面这个比较好,在学习了蜘蛛毒素fwspider那个入门文档后,可以继续用下面这个网站上的三个例子进行学习。 分别是Lysozyme in Water 、 Membrane Protein 、 Umbrella Sampling
。也是step by step的教程。
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html
2、蛋白质结构
http://www.wwpdb.org/docs.html#format
-----PDB格式帮助文件
http://hpdb.hbu.edu.cn/
-----河北大学生物信息学蛋白质结构网站
http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page
-----PDB介绍
3、软件与资源下载

http://news.geabc.com/




英文报刊下载,包括Science Nature,免费下载,而且还比较新,强烈推荐!

http://wiki.ubuntu.org.cn/
Ubuntu中文网站,比较系统,学起来比较快
http://paper.dic123.com/
下载文献
http://blog.csdn.net/bioon
一个博客
http://www.supfree.com/soft/s_class.asp?s_id=417&p_id=0
生物软件下载
4、蛋白质常用工具
http://workbench.sdsc.edu/

biology work bench注册后可以提交任务到它的服务器,使用比较方便。可以进行blast,序列比对等等。
http://www.mpibpc.mpg.de/groups/de_groot/concoord/
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发表于 2010-9-24 21:55:00 | 显示全部楼层
|concoord
http://concoord.org/
http://www.pymolwiki.org/index.php/TCONCOORD

http://wwwuser.gwdg.de/~dseelig/tconcoord.html
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发表于 2010-10-11 17:52:00 | 显示全部楼层
||tconcoord
concoord和tconcoord配合gromacs使用。
http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page
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发表于 2011-8-26 22:38:00 | 显示全部楼层
|pymolwiki
http://pymol.sourceforge.net/newman/user
Pymol看很漂亮的蛋白质结构飘带模式图。
http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/dyndomMain.do
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发表于 2011-8-27 09:41:00 | 显示全部楼层
|DYNDOM
DYNDOM划分分析蛋白质结构域。
下面也是两个结构相关的软件。
http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
http://www.projectaten.com/
5、分子动力学博客
http://hi.baidu.com/picb

这个sensenbobo的博客,大部分应该都知道。是一个做分子模拟的博士吧。在他的博客上学到了不少东西。
http://blog.sina.com.cn/pinkye
分子动力学 计算机辅助药物设计
http://www.bb.ustc.edu.cn/jpkc/guojia/bxjs/index.htm
并行计算
http://dxli75.blog.163.com/

6、同源模建软件与结构预测评估在线服务器
http://salilab.org/modeller/news.html
modeller 最专业的同源模检软件,虽然说要有python基础 但是用起来也比较方便。
http://hpdb.hbu.cn/thesis/2005/ypb/index.asp

这里也介绍了一些同源模建的知识。


swiss同源模建服务器,免费注册
http://swissmodel.expasy.org/workspace/

[color=]http://www.expasy.ch/sprot/

http://srs.im.ac.cn/srs71bin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-lib+SWISSPROT
http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php
http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVES/
在线评估
http://dicsoft1.physics.iisc.ernet.in/rp/index.html
Ramachandran plot 2.0 也是做结构评估的。
http://www.doe-mbi.ucla.edu/
要是还有其他的请大家补充.互相学习。
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发表于 2011-9-2 20:06:00 | 显示全部楼层
赞,非常好!
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发表于 2011-10-28 15:13:00 | 显示全部楼层
这个必须赞啊
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发表于 2011-10-28 16:08:23 | 显示全部楼层
非常感谢!
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发表于 2011-10-28 17:45:52 | 显示全部楼层
灰常给力的
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发表于 2011-10-28 18:34:50 | 显示全部楼层
感谢分享!!!!
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