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好多初学者都问source命令调用ubq.pgn

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发表于 2010-8-21 10:04:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
好多人刚学namd和vmd是按照说明书sourceqbq.pgn的时候都会出错,我也经常看到问这个问题,这个东西我虽然没再回去重做,但是通过看他们的发问,我只是这样凭空的思考的除了几个可能的原因:
1.你保存的文件后缀名一定要正确
2。你指定的文件调用地址...\...\...一定要准确无误
3.top不配套,我是这样理解的,如果namd和vmd版本比较新的话,把topology top_all27_prot_lipid.inp换成,topology top_all27_prot_lipid_na.inp,以及指定正确的路径
我只是抛砖引玉,可能理解不够,希望各路大侠能留下宝贵意见
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发表于 2013-5-21 16:41:00 | 显示全部楼层
我终于找到答案了。“”输入完成之后,保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中, 文件名为ubq.pgn,
文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件,这一文件可以被
psfgen软件包所识别,并处理成我们想要的psf文件。(教程的说法)“”如果按照这样做的话,文件的格式是txt,而不是psfgen软件能识别的pgn格式。解决方法是,用写字板输入命令后,保存,修改文件的后缀名(既是文件格式,而不是单纯修改文件名。)为pgn。
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