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dump输出能量等问题

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发表于 2010-5-26 16:04:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
想用dump输出能量以对其进行着色,
yaozongzhuan
在 http://simulation.5d6d.com/thread-24429-1-1.html里说
VMD会自动将DUMP的末四列数据分别放入user, user2, user3, user4
如,如果DUMP文件列的格式如下:
ITEM: ATOMS id type x y vx vy c_displ[1] c_displ[2] v_meanstress v_effestress v_constraint
我想请问一下,怎么才能用dump输出这些能量,应力等,特别是能量,应该在语句和dump中分别用什么命令?
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发表于 2010-5-27 04:19:00 | 显示全部楼层
DUMP输出的是每个原子的属性量.
如果你想输出这些原子属性量, 有些是不需要额外compute就可以输出的如坐标,速度,力,质量等...
有些如应力,势能,动能,温度等刚需要你在DUMP之前要计算的.
如下如果想输出各原子的势能和xx,yy方向应力:
compute 2 all pe/atom
compute stre all stress/atom
dump dumpid all custom 1 filename.lammpstrj id type x y vx vy c_2 c_stre[1] c_stre[2]
以上注意输出的应力是没有除以体积的能量单位的应力项, 因为每个原子的体积不好计算, 所以这个后应力处理就需要LZ花功夫了. 建议LZ看看"超管"发起的对LAMMPS中应力的讨论贴,先明白下LAMMPS中的应力,能量概念等.
PS. DUMP命令的用法手册里说的很详细LZ不妨多查阅下, 还有以后希望LZ以后发起问题时能将问题用多点文字描述下吧, 也方便他人一起思考讨论, 问题解决时能回贴给个总结, 这样也能更好的方便后面遇到类似问题的朋友...
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 楼主| 发表于 2010-5-27 08:18:00 | 显示全部楼层
感谢您的解答,我现在想对一些模型进行着色,用的就是您介绍的方法,原来dump custom老是有问题,是可能是我在windows下,现在下了个新版本就可以计算了,由于新手,遇到问题很多,我在着色中发现颜色很浅,
而且首先从白色开始,在这里是是对应力进行着色,变化也没有什么规律性,而且在拉伸和剪切时,颜色更加浅请问一下应该怎么修改程序调到合适的颜色,还有就是VMD着色的可信性,
在lammps网站中对位错进行着色,为什么颜色那么丰富,最后一个问题就是在VMD着色是,比如应力大小对应的颜色深浅是怎么进行标记的?
2# yaozongzhuan
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发表于 2010-5-27 08:48:00 | 显示全部楼层
3# xh512
颜色从红到白再蓝变化是因为你的color method方案选的是默认的RWB,
如果你想看到漂亮些的如官网上的图,请用我们通常常用的蓝绿红方案,
请在Graphics->color->color scale->method->BGR, Offset->0.0 Midpoint->0.5
颜色偏白是因为你的属性值大多偏向你着色数值域的中间值, 你可以手动调整此域来达到你想要的最佳效果,
请在Graphics->Representations->Trajectory->Color scale data range里调整数值便可.比如应力大小对应的颜色深浅是怎么进行标记的?如果你着色方法调成了BGR, 这个当然是应力大的对应高值红色, 应力小的对应低值蓝色, 绿色在中间呀.
VMD着色的可行性是没有问题的,一点问题都没有的, 我现在就是在WIN下做这个,虽然弄出来的图没有Pymol好看,但搞材料这一块的也不需要高分子那样那么炫的图吧.
这个贴里有我当时随手截的个图,色彩方面我想绝对能满足你的期望值吧.
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=25903&page=1#pid118159
着色的可信性(可行还是可信啊???)跟VMD没关吧, 可信性这跟你的数据有关呀.
哎...帖子标题是跟dump的能量相关,这怎么又搞着色来了....
版主莫要责怪了就是.
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发表于 2010-12-12 00:26:00 | 显示全部楼层
4# yaozongzhuan
thanks
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发表于 2014-1-10 21:53:00 | 显示全部楼层
炫个图:
http://file:///C:\DOCUME~1\ADMINI~1\LOCALS~1\Temp\ksohtml\wps_clip_image-14763.png
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发表于 2019-3-1 09:38:32 | 显示全部楼层
谢谢大家和楼主,非常有用
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