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[分子库] specs库的问题

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发表于 2010-2-27 09:53:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
筛选选用的是specs,现在发现这个库原有40多万个化合物,而经过里宾斯基5规则过滤后,只剩了16万个。
请问不符合5规则的化合物,就一定成药性很差吗?那么specs中25万个不符合里宾斯基5规则的化合物,有何用途啊。
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发表于 2010-2-27 17:50:00 | 显示全部楼层
不一定的,我试过分析很多我们用到的药物,比如一些抗生素和其他药物,都过不了里宾斯基5规则,可这些药都用得很广泛。
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发表于 2010-2-28 10:05:00 | 显示全部楼层
建议适当在里宾斯基5规则的基础上,放宽一点来过滤
建议看看相关的文献,关于这个统计也是有显示在5原则外还是有很多药的
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发表于 2013-6-19 17:04:00 | 显示全部楼层
只是说按传统来说,符合里宾斯基五原则的,成药的概率高一些。如果你是做高通量筛选的,买多样性库的话,尽量选符合这个原则,如果虚筛,这个原则本身意义不大。
你要看整个库的容量,很多人喜欢从Zinc库上一股脑的筛,认为反正计算机也能处理的了,但其实这样做了以后筛选出来的产品并不容易买到或者来源于多个工厂后的成本较高。所以建议是按一个工厂一个工厂的来筛,每次尽量选规模大、多样性好的库。
Specs的产品已经基本不更新了,所以很多产品不见得能够符合虚筛的要求。你可以用Chemdiv的筛选库,他们有12500个骨架,140万个化合物,多样性和类药性都比较好。另外,lifechemicals、enamine的也都还行。但像Chembridge、Maybridge这类的也不建议往前排,主要还是更新慢。你筛的东西都是十年前无数人筛过的,该发的文章都发了,你再筛,机会就不大了。
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发表于 2013-6-25 07:46:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 sln 于 2013-6-26 17:57 编辑 只是说按传统来说,符合里宾斯基五原则的,成药的概率高一些。如果你是做高通量筛选的,买多样性库的话,尽量选符合这个原则,如果虚筛,这个原则本身意义不大。
你要看整个库的容量,很多人喜欢从Zinc库上一股脑的 ...
讨厌下雨 发表于 2013-6-19 17:04


1)这个观点貌似合理,实则毫无道理可言。
假设一个新的疾病或一个新的靶点发现,10年前拿什么模型来对这个疾病或靶点进行筛选呢?不可能10年前有人筛选过这些化合物。针对这药物化合物的目的之一可以是药物发现,发现对疾病有效的苗头化合物、先导物是关键,而不在于是否新化合物。实际上,已经上市的药物开发出新适应症的情况有的是,不能说别人筛过了就不值得的做了。
2)宾斯基五原则
类药五原则类药只是针对口服药物而言,如果目的是发现苗头化合物或先导物或其它目的,无所谓类药性。这个是根据自己的项目需要而言。
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