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请问如何将输出的trr或xtc轨迹文件转换成文本类型的文件?

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发表于 2009-11-18 11:14:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我跑了100ns的动力学模拟,共有100000000个构型,我想将每个构型都计算吸收谱,所以需要每一步的体系原子坐标,用trjconv命令一个一个提取瞬时构型太麻烦了,请问有没有办法直接将trr或xtc文件转为文本类型的文件?(我直需要在转换好的文件中包含每一步的原子坐标信息就可以了).
谢谢了.
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发表于 2009-11-18 13:28:00 | 显示全部楼层
据自己了解,没有那么方便的工具,triconv是一定要用的。你可以写个脚本来达到你的目的,或者将trr文件转成gro文件再用脚本或程序,这样还是可以接受的。如有高手提供更好的方法,非常感激。
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发表于 2009-11-18 19:25:00 | 显示全部楼层
gmxdump ?
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发表于 2009-11-19 13:21:00 | 显示全部楼层
trjconv 直接就可以转化为可读文件啊,不过文件应该非常大
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发表于 2009-12-9 03:07:00 | 显示全部楼层
文件全部转出来应该非常大,因为trr和xtc文件是二进制编码,才会减少很多。以前我做过类似的方法是写一个脚本,一个frame一个frame处理,就是说每次把一个frame转换成临时的文本文件,进行处理或再次计算,然后再被下一个frame覆盖,在进行处理或计算,将每次得到的结果追加到一个文件中。
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发表于 2009-12-9 05:51:00 | 显示全部楼层
LZ熟悉c语言的话可以去gromacs网站下载一个xdrfile库,然后自己写个c程序来读xtc/trr文件。看这里:
http://www.mdbbs.org/thread-17617-1-5.html
简单的办法就是楼上的办法,把一个一个frame拿出来处理,用什么脚本都可以。只是注意用trjconv的时候增加-ndec选项来增加精度,默认精度是0.001nm,太低。
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发表于 2009-12-9 15:26:00 | 显示全部楼层
这个有难度 呵呵没整过
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发表于 2010-3-8 15:35:00 | 显示全部楼层
学习一下,

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发表于 2010-3-8 20:20:00 | 显示全部楼层
我写过程序,基本的思想和五楼的一样。用trjconv将xtc转为pdb,然后将每个step读出(你可以选择你需要转换的frame范围),写成xyz文件,包含每个frame的坐标信息,有多少frame,写出多少个xyz文件
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发表于 2010-3-8 22:16:00 | 显示全部楼层
写程序用xdrfile处理很简单,楼主需要的话mail我!~
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