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Gromacs windows版(4.5 & 4.6)

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发表于 2013-4-22 06:26:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
有同学发站内信求4.6的win版,抽空编译了一下。顺便把4.5的也更新了。个人觉得win版有如下优势:
1. 方便不熟悉linux的新手初学
2. 比cygwin快很多,不明显比linux慢,如果支持turbo boost,win下还会快
3. 喜欢用vc或者vc编译并调试template的
4.5-x86:http://pan.baidu.com/share/link?shareid=507598&uk=2835663136
4.5-x64:http://pan.baidu.com/share/link?shareid=507599&uk=2835663136
4.6-x86:http://pan.baidu.com/share/link?shareid=507600&uk=2835663136
4.6-x64:http://pan.baidu.com/share/link?shareid=507601&uk=2835663136
PS:4.5基于4.5.7release-patches(显示版本号为4.5.6-dev),4.6基于4.6.1release-patches(显示版本号为4.6.2-dev)。除了bug修正外,使用上与正式发行版没有区别。
另外4.6是基于sse4.1指令集编译的,通用性好一些。
单精度,openmp,vc2010,环境变量可自行设置,不会请参照我以前的帖子http://www.mdbbs.org/thread-28518-1-1.html
终端用cmd或者win7的powershell
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发表于 2013-4-22 10:03:00 | 显示全部楼层
好像第一个优势也不是很明显嘛 就算是win平台gromacs也是命令行操作的……
当然可能更容易建立一些概念吧 不过我觉得对于新手还是养成命令操作的习惯而忘掉鼠标会比较好一点
希望lz能够亲测一个小的benchmark 比较一下两个平台的速度 呵呵
最后还是要感谢一下lz的分享精神
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发表于 2013-4-22 11:50:00 | 显示全部楼层
不知道楼主编译的是单精度,还是双精度,是否可以并行计算
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 楼主| 发表于 2013-4-22 12:47:00 | 显示全部楼层
好像第一个优势也不是很明显嘛 就算是win平台gromacs也是命令行操作的……
当然可能更容易建立一些概念吧 不过我觉得对于新手还是养成命令操作的习惯而忘掉鼠标会比较好一点
希望lz能够亲测一个小的benchmark 比 ...
yao 发表于 2013-4-22 10:03
一般正式跑都是在集群上,单机就做做测试和分析,速度差异不用太纠结,需要更快可用iccmkl编译
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 楼主| 发表于 2013-4-22 10:03:00 | 显示全部楼层
不知道楼主编译的是单精度,还是双精度,是否可以并行计算
jilinjohn 发表于 2013-4-22 11:50
单精度,并行基于openmp
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发表于 2013-4-22 12:49:00 | 显示全部楼层
楼主,我是很新手,门外汉,我解压了,都不知道怎么安装
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 楼主| 发表于 2013-4-22 11:50:00 | 显示全部楼层
楼主,我是很新手,门外汉,我解压了,都不知道怎么安装
再等等2012 发表于 2013-4-22 15:22
不用安装,见帖子里的补充说明
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发表于 2013-4-22 15:22:00 | 显示全部楼层
7# homeboy
楼主,我还是不懂啊,解压出来的4.6文件里没有fftw啊,还有如何将
目录放入环境变量PATH?在CMD里输入
PATH=D:\Research\Gromacs\wincmake\gromacs-4.5-win\bin?我对应的目录改过了,但是没反应,求解啊
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发表于 2013-4-22 23:20:00 | 显示全部楼层
8# atmdd
对了,我的系统是win8.1 RTM
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