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请教gromacs中如何实现氨基酸残基的磷酸化?

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发表于 2009-5-21 10:50:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
请知情大侠将具体操作步骤描述详细一些,不胜感谢。
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发表于 2009-5-21 14:21:00 | 显示全部楼层
个人认为,直接在chem3D里面加个PO3上去,在rtp里面加个残疾类型添些参数就没问题了
甚至单把PO3认为是个特殊残基都没问题
只要最后itp手动把键连上就可以。。。。。。具体过程论坛里很多虽然不是做P的
附件里是一个做磷酸化氨基酸参数的文章
直接用里面的数就可以了
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 楼主| 发表于 2009-5-29 10:39:00 | 显示全部楼层
多谢多谢!!!
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发表于 2009-5-29 18:22:00 | 显示全部楼层
个人认为,直接在chem3D里面加个PO3上去,在rtp里面加个残疾类型添些参数就没问题了
甚至单把PO3认为是个特殊残基都没问题
只要最后itp手动把键连上就可以。。。。。。具体过程论坛里很多虽然不是做P的
附件里 ...
jsbach 发表于 2009-5-21 14:21


您讲的很好,不过想修正一小点,"单把PO3认为是个特殊残基"会有一点问题,需要同时对被磷酸化的氨基酸残基做相应的修改,以添加对外接磷酸基的化学键的描述,否则会有问题。
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发表于 2009-5-21 14:21:00 | 显示全部楼层
4# armeria
感觉还是可以吧?
至少是用amber场的时候
itp的bond pair和 angle二面角都可以手动添进去,只要残基类型和 bon.itp里面对上就可以了。。。。。。
话说过一个月可能还要真做一下这个。。。。到时谁想要站短我一下。。。。。。。。。。。。。。。。
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发表于 2009-5-29 19:12:00 | 显示全部楼层
多谢多谢。 新手真痛苦。今天纠结了一天,想用gromacs中的OPLS-AA力场模拟一个带有磷酸化Tyrosine的蛋白的md。感觉真有点无从入手。
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发表于 2010-9-7 00:09:00 | 显示全部楼层
谢谢分享
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发表于 2019-1-14 17:37:45 | 显示全部楼层
jsbach 发表于 2009-5-21 14:21
个人认为,直接在chem3D里面加个PO3上去,在rtp里面加个残疾类型添些参数就没问题了
甚至单把PO3认为是个特 ...

能也给我发一下做磷酸化氨基酸参数的文章么?
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