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力常数问题

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发表于 2009-4-4 19:58:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我有一个小分子,它在gromacs力场参数里键、角、二面角的力常数怎么设定?高斯能算吗?还是用工式手算?如果都设为0对模拟的影响是什么?是不是把它freeze住以后就可以不用设或考虑k0或平衡键长了?
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发表于 2009-4-4 23:17:00 | 显示全部楼层
最好是用高斯计算. 另外用Dundee Prodrug server, 或者topolbuild 计算也可以.
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,doc_details/gid,111/Itemid,26/
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发表于 2009-4-5 15:12:00 | 显示全部楼层
http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,doc_details/gid,111/Itemid,26/
楼上的问一下,你这个连接的 软件 是怎么安装的?它给的 安装说明我 没有看明白?
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 楼主| 发表于 2009-4-8 11:46:00 | 显示全部楼层
用prodrg 说只支持p,s 等,我的v 钒不支持, topolbuild 也是的说
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