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CHARMM的并行问题

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发表于 2009-3-27 11:14:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
在红帽子上安装并行版CHARMM, 用MPICH并行环境,但是不能并行. 请问大家的并行效果如果?
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发表于 2009-3-27 11:33:00 | 显示全部楼层
这个问题同你的CHARMM版本有关, 同时也和MPICH的选择有关:
charmm33以前的版只能支持MPICH-1标准的并行,
建议先安装配置好MPICH,,然后用相同的编译环境对CHARMM进行编译.
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 楼主| 发表于 2009-3-27 16:23:00 | 显示全部楼层
都是最新版本,编译没有问题. 没有搞清楚是何原因不能有效并行.
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发表于 2009-3-30 10:38:00 | 显示全部楼层
CHARMM不一定支持最新的MPICH2, 建议可以试一下开源的OpenMPI,
如果你MPI测试没问题, 同时CHARMM并行安装选项正确,最有可能还是编译的问题,
如果单机串行版没问题, 那只有可能与你用的MPI有关.
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发表于 2009-4-30 08:51:00 | 显示全部楼层
不能有效并行是什么意思?
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发表于 2009-4-30 21:34:00 | 显示全部楼层
請問樓主的意思是說,單核跑CHARMM可以執行,多核(平行)運算跑CHARMM無法執行嗎?
因為單核或是多和平行運算,是需要分兩次不同的編譯,所以問題像是出現在MPICH的問題。
可能出現的問題在於:
1. MPICH確定是否編譯完成,確定可以執行?
2. 後來在編譯多和平行版本的CHARMM時,MPICH的lib在CHARMM安裝過程中是否指定正確?
3. MPICH與CHARMM編譯的版本必須是相同的,例如: 你的CHARMM是要用32bit的,MPICH則也是要使用32bit的。
4. 如果作業系統是64bit的,CHARMM如果要編譯32bit的,則可能出現libraries的問題。
希望對您有所幫助~
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