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NAMD并行安装成功!分享感受

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发表于 2008-10-11 00:01:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
折腾了好几天,终于把并行NAMD安装成功了,早有耳闻此程序好用难装,这次算是领教了。其间不断出现各种问题,绞尽脑汁后总算过关,自己的linux知识也长进了不少。
网上的各种方法、教程没有一个是完全完整的,都需要被折腾一番才能通过。附件中是一个相对比较全的安装说明,很有参考价值,但也存在很多问题。
本想写一个中文版完美安装流程说明,但最近实在无暇顾及,只好先说这么多了,哪位如有兴趣请跟帖讨论。
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发表于 2008-10-11 08:46:00 | 显示全部楼层
好像只是安装了NAMD/VMD,没有并行的,是不是。
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 楼主| 发表于 2008-10-11 12:05:00 | 显示全部楼层
没有并行的哪用得着这么折腾,十几分钟能就装完了。
预装的程序包括:mpich2、tcl8.4、fftw2.15、charm5.9等。
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发表于 2008-10-11 12:12:00 | 显示全部楼层
非常感谢,晚上我有空可以试一下。
你的系统是debian 还是ubuntu?
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 楼主| 发表于 2008-10-11 14:05:00 | 显示全部楼层
我在RHEL 4 updata5和CENTos4.7上都试过了。
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发表于 2008-10-12 12:14:00 | 显示全部楼层
我在ubuntu7 desktop上面试了一下,
补充有几点:
1,需要安装
apt-get install mpd
apt-get install openssh-server
和mpich,但这个软件用不了apt-get。
2, build charm++
build选项中的--basedir 需要设为 =/usr/local/mpich-1.2.7p1
3,charmrun 测试时需要
PATH=$PATH:/usr/local/mpich1.2.7pl/bin
namd 安装成功
安装vmd 时候
4,Building Plugins 时
在make distrib 之前需要修改Makefile 文件
distrib :下面的一行前加一个#,即
#for header in $(PLUGINHEADERS); do cp -p $(INCLUDEDIR)/$$header $(PLUGIN DIR)/include ; done
Plugins 安装成功
编译 vmd 时,按lz教程修改后还有提示
/usr/bin/ld: cannot find -lXext
最好可以生成vmd 文件,但只有显示分子结构的界面和tkconsole命令行,没有菜单,怎样解决。
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 楼主| 发表于 2008-10-12 12:43:00 | 显示全部楼层
我主要用DS处理图像问题,对vmd的依赖不是很大,所以就只研究了NAMD的安装。那份材料里的vmd安装我没搞定,也就没有纠缠。
我原先装非并行NAMD(就是那个只用拷贝上就能用的,但不能并行)时,装了vmd-1.8.6.bin.LINUX.opengl.tar,就用./configure LINUX的方式,很简单,现在正常使用,该有的都有。我觉得vmd对并行应该没什么要求,所以也就没有深究。
你安装NAMD的过程跟我有差别,也许是系统不同的原因吧,不过装好能正常使用就是成功,不必管那么多了。
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发表于 2008-10-12 18:53:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 bay__gulf618 于 2009-9-5 09:49 编辑
闪...........
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 楼主| 发表于 2008-10-13 00:01:00 | 显示全部楼层
多谢提醒,刚好我没有用。
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发表于 2008-10-13 15:12:00 | 显示全部楼层


谢谢分享
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