请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
查看: 467|回复: 5

charmm力场 处理氢键的能力怎样

[复制链接]

173

主题

2919

帖子

6017

积分

论坛元老

Rank: 8Rank: 8

积分
6017
发表于 2008-9-21 15:17:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
听说charmm力场不能处理氢键,为什么却能广泛用于蛋白质的研究。
回复

使用道具 举报

1

主题

3

帖子

9

积分

新手上路

Rank: 1

积分
9
发表于 2009-2-20 12:04:00 | 显示全部楼层
我也有同样的疑问,有文献说charmm对氢键的处理是这样的,charmm力场的系统能量主要有两部分组成,分子内部化学键、键角、二面角相关的能量值Ebonded;外部非成键相互作用Enon-bonded,如静电和范德华作用等。ChARMM力场中对非键对相互作用对势能的影响的考虑主要分两个部分:范德华相互作用能和静电相互作用能。在其他经验力场中,有的还独立计算氢键对势能的影响,而CHARMM力场则将氢键包含在范德华相互作用和静电相互作用中。
合到其它的相互作用中怎么拿出来讨论呢?
回复

使用道具 举报

13

主题

44

帖子

107

积分

注册会员

Rank: 2

积分
107
发表于 2009-3-11 13:01:00 | 显示全部楼层
CHARMM默认在能量计算的时候不计算氢键能量.
回复

使用道具 举报

1

主题

27

帖子

61

积分

注册会员

Rank: 2

积分
61
发表于 2009-8-30 18:17:00 | 显示全部楼层
CHARMM的早期版本中是包含氢键作用项的,不过后来的力场参数中都忽略了这一项,而是整合进了vdW和静电作用项里面。不过要分析氢键的话,CHARMM里面也有相关的命令,比如hbuild.doc等等,其实氢键只是一种效果,可以看作其它作用力产生的。氢键也是按适当的距离和角度,以及原子类型来定义的。
回复

使用道具 举报

12

主题

158

帖子

334

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
334
发表于 2009-9-2 01:47:00 | 显示全部楼层
所谓氢键只是一种定义, 在某种作用范围内里就可以看成是氢键, 单独分离出来没有必要。Charmm是计算化学家发展,在计算方面还是比较准确的。
回复

使用道具 举报

2

主题

225

帖子

458

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
458
发表于 2010-1-19 10:25:00 | 显示全部楼层
谢谢楼主分享!!谢谢楼主分享!!
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|分子模拟论坛

GMT+8, 2020-8-4 22:55 , Processed in 0.072800 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表