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用discover计算气体自扩散系数的疑问

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发表于 2008-9-9 15:14:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我的问题是:我的计算结果和别人的MD结果(其与实验值误差很小)差了3个数量级。帮忙看看步骤上有没有什么问题,或者哪里量纲上错了。
我先计算常压下简单分子氢气的自扩散系数,文献中采用L-J势能,我用MS就使用COMPASS;
参照创腾初级教程中“气体在聚合物中扩散系数的测量”这一节,具体操作如下:
1)3D atomistic建立两个H原子的氢气分子,再用Discover的minimizer能量最小化,其中setup为nonbond:vdw&coulomb,atom based(改成group based就不能算);
2)Amorphous cell建一个20nm边长的立方体格子,根据氢气密度0.09g/L,就是0.00009g/cc,但MS最小密度只能是0.0001g/cc,那就用这个反正差的不多,放入217个H2,然后再用Discover的minimizer能量最小化(还是应该用Amorphous cell的minimizer?但是好像区别不大);
3)运行discover的Dynamics,只改了相应的温度,1w步平衡得到final structure,再算10w步得到full;
4)选择分子,edit sets,先选atoms:is H,将所有选中的设为sets;
5)Discover Analysis得到均方位移,根据数据画MSD与t的曲线算斜率,此处单位应该是A的平方/ps,即10-8(m的平方/s);
6)最后将斜率除以6得到自扩散系数,是10-8量级,而实验值是10-5次。
另请问:modifiy中charges这项的作用是什么?
我都头晕了,帮帮我吧,谢谢。
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发表于 2008-9-9 16:30:00 | 显示全部楼层
5)Discover Analysis得到均方位移,根据数据画MSD与t的曲线算斜率,此处单位应该是A的平方/ps,即10-8(m的平方/s);
Am的单位是10的负10次方不是你说的负8,看看是不是这个问题
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发表于 2008-9-9 17:14:00 | 显示全部楼层
2)Amorphous cell建一个20nm边长的立方体格子,根据氢气密度0.09g/L,就是0.00009g/cc,但MS最小密度只能是0.0001g/cc,那就用这个反正差的不多,放入217个H2很奇怪,217个H2,密度0.00009g/cc,这样建起来的盒子边长应该要40nm了吧?所以你不应该先确定盒子的大小,而应该先设置好H2的个数,比如说256个,然后设置密度为0.0001g/cc(确实是不能低至5位小数的),晶胞大小也就会根据你的粒子多少和密度随即确定下来了,不需要人为改动!
还有,你的体系只有217个H2,无法很好地模拟实际体系的吧?建议增加粒子数!以确保计算的准确性和精度!
这里用discover的minimizer进行能量最小化是没错的!!
group based是定义一组原子做计算的,你做的是H2,用全原子也是对的!
modifiy中charges是用来修改粒子电荷的,具体可以看看help!
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 楼主| 发表于 2008-9-9 18:47:00 | 显示全部楼层
原帖由 minminchen8 于 2008-9-9 17:14 发表

很奇怪,217个H2,密度0.00009g/cc,这样建起来的盒子边长应该要40nm了吧?所以你不应该先确定盒子的大小,而应该先设置好H2的个数,比如说256个,然后设置密度为0.0001g/cc(确实是不能低至5位小数的),晶胞大小 ...
很详细,谢谢,又算了几组,分子数确实影响很大,我继续往大的算。
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 楼主| 发表于 2008-9-9 18:49:00 | 显示全部楼层
原帖由 savagefly 于 2008-9-9 16:30 发表

5)Discover Analysis得到均方位移,根据数据画MSD与t的曲线算斜率,此处单位应该是A的平方/ps,即10-8(m的平方/s);
Am的单位是10的负10次方不是你说的负8,看看是不是这个问题
谢谢,但我说的10-8,是将A2/ps这个单位转化为m2/s后的数量级,这个应该没错吧。
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发表于 2012-5-23 13:29:00 | 显示全部楼层
我的问题是:我的计算结果和别人的MD结果(其与实验值误差很小)差了3个数量级。帮忙看看步骤上有没有什么问题,或者哪里量纲上错了。
我先计算常压下简单分子氢气的自扩散系数,文献中采用L-J势能,我用MS就使用CO ...
emirates 发表于 2008-9-9 15:14


你好,我刚接触分子模拟,也是要做气体分子的扩散系数以及气体分子间碰撞问题的,请问一下,MS是能实现的吧?
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发表于 2017-12-14 08:59:30 | 显示全部楼层
yaneehan2010 发表于 2012-5-23 13:29
我的问题是:我的计算结果和别人的MD结果(其与实验值误差很小)差了3个数量级。帮忙看看步骤上有没有什么 ...

你好!  请问你实现了吗?
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