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namd该怎样安装啊

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发表于 2008-5-8 11:54:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我下了个namd,但不知道该怎样用,看了使用手册半天也不知道怎么用
[ 本帖最后由 chenjung0825 于 2008-7-22 22:11 编辑 ]
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发表于 2008-5-8 12:25:00 | 显示全部楼层
linux下的还没试过,在win下用过几个算例,可以下载已编译好的可执行文件嘛,直接用就可以了,熟悉一段时间再学学自己编译
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发表于 2008-5-8 15:13:00 | 显示全部楼层
windows下不用安装 直接添加环境变量即可
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发表于 2008-5-9 11:06:00 | 显示全部楼层
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
算例下载
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 楼主| 发表于 2008-6-13 09:27:00 | 显示全部楼层
问题解决了, 实在是因为我见识太少,
总是试图寻找一个windows里常见的窗口界面去操作
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发表于 2008-6-13 11:16:00 | 显示全部楼层
你要习惯这些代码都没有图形界面
呵呵,
要么习惯它,要么自己写一个图形界面,呵呵,加油
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发表于 2008-9-15 14:51:00 | 显示全部楼层
1. 如果你下载的文件名中没有scr(scrous,源代码),解压后里面有namd2或namd2.exe,psfgen或psfgen.exe 等,恭喜你,你可以直接使用。否则,寻找新的下载。
2.把解压后的目录放到一个你熟悉的地方,尽量不要有中文名。
3.设置环境变量,在win 下:右击我的电脑>属性>高级>环境变量>在系统变量中找的path>编辑>在后面加分号再把目录加上>确定;在linux 下:在你的~/.bashrc文件中加一行PATH=$PATH:(你的目录)
4.编辑*.pdb 文件,*.psf 文件,和配置文件,配置文件的后缀名不限,有*.in,*.namd,*.conf等,可以根据你的习惯。配置文件中注明pdb,psf,力场文件的位置,绝对目录相对目录都可以。
5.进入dos 窗口,cd 到配置文件所在目录,输入namd2.exe 配置文件即可
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发表于 2010-6-2 10:58:00 | 显示全部楼层
总是不能运行,说是不能打开
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新手上路

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发表于 2010-6-2 10:59:00 | 显示全部楼层
总是提示错误说是不能打开charmm 参数文件,这是什么问题啊?
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论坛元老

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发表于 2010-6-2 13:27:00 | 显示全部楼层
安装与使用方法
参考 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid82286
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