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请教NAMD最小化和预平衡后继续production Simulation时的承接问题!

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发表于 2009-4-11 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
NAMD最小化和预平衡后, 我用#注销掉了所有的温度设置参数。
但是程序提示也要把langevian temperature control 也注销掉!
那请问:以后的计算还是langevian 恒温控制吗?
是不是温度控制和压力控制方法都可以从上一步读出来呀?
注: 我注销掉langevian temperature control 后,运行了2700steps,发现温度是一直升温的,从250K到350K。没有任何下降的趋势!
# Constant Temperature Control
#langevinon;# do langevin dynamics
#langevinDamping5;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
#langevinTemp$temperature
#langevinHydrogenoff;# don't couple langevin bath to hydrogens
[ 本帖最后由 happyboy 于 2009-4-11 00:11 编辑 ]
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发表于 2009-4-11 09:26:00 | 显示全部楼层
没有听明白,你在预平衡前后用了1个还是2个conf 文件。
如果在一个文件中,把第二次控温的参数全部注释掉,相当于只有最前的一个控温参数,这是最常见的控温配置方法。而在350K 达到平衡,这是没有控温时的表现。
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 楼主| 发表于 2009-4-11 10:21:00 | 显示全部楼层
预平衡前后用了2个conf 文件,一是EmEq.conf; 一个是mdp.conf。并且在350K 不会达到平衡,还会上升!
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发表于 2009-4-11 11:23:00 | 显示全部楼层
全部注释掉就没有控温了,温度变化是不可避免的。
重新md 不会从原来的conf 文件里面读入任何东西,所有的那些配置要从头再来。
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 楼主| 发表于 2009-4-15 20:51:00 | 显示全部楼层
谢谢,那请问NAMD如果计算意外中断,连续计算的DCD文件如何和前面的DCD文件合在一起整体分析呢?
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发表于 2009-4-15 20:58:00 | 显示全部楼层
如果是自己的tcl 编程,可以把对2个dcd的循环在一起处理。
如果是用vmd自带的工具,就不太清楚了。
好像可以在restart 时候,轨迹写入原来的DCD文件,也不太清楚。
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