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charmm力场能否处理pi

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发表于 2009-4-10 17:20:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
经典力场,如amber,charmm等,能否处理pi-pi堆叠效应?
就是那种芳香平面平行靠近时候引起的能量降低,就像DNA中的碱基那样。
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发表于 2009-4-11 17:03:00 | 显示全部楼层
我觉得不能,因为经典力场似乎没有考虑分子轨道的问题——从力场的能量表达式中看不出来!
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发表于 2009-4-11 18:10:00 | 显示全部楼层
应该是可以的
pi-pi是通过范德华参数体现出来的
可以看看这篇文献
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 楼主| 发表于 2009-4-11 18:19:00 | 显示全部楼层
太感谢ls 了。
文献慢慢看。
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发表于 2009-4-11 18:23:00 | 显示全部楼层
pi-pi堆叠是属于分子间相互作用力,是可以用MM处理的,我也推荐你看一片文章,根据这篇文章的研究表明有些立场对堆叠作用的计算效果比低等第的从头算还要好。
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 楼主| 发表于 2009-4-11 18:26:00 | 显示全部楼层
这篇更长...
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 楼主| 发表于 2009-4-16 13:38:00 | 显示全部楼层
childs 兄给的文献好像是说charmm力场不能处理pi-pi 作用,处理这个需要电荷分离的原子模型。
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发表于 2009-4-16 16:57:00 | 显示全部楼层
原帖由 bay__gulf618 于 2009-4-16 13:38 发表

childs 兄给的文献好像是说charmm力场不能处理pi-pi 作用,处理这个需要电荷分离的原子模型。
你看明白了 给讲一下
我不清楚
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发表于 2010-1-15 20:53:00 | 显示全部楼层
恩 现在力场的选择对试验很关键,,,是要好好分析一下
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发表于 2010-1-20 06:51:00 | 显示全部楼层
我的理解是
MD经验力场不能处理pi-pi stacking
芳香平面靠近时会倾向于相互平行的现象在MD中是可以观察到的,那是由于这种构象使疏水面积最大化从而导致体系能量降低。lz提的DNA碱基就是一个很好的例子。但是这种现象应该归结于熵驱动,而不是pi stacking。
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