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有人用DS 2.1 Flexible Docking 成功过吗?

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发表于 2009-4-10 13:59:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题,我用Flexible Docking模块总会出错,具体是在 "confgen" 时说license error.我用的shooter发布的.在linux集群下计算的.请大家指教.
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发表于 2009-4-10 20:15:00 | 显示全部楼层
可能软件有BUG,我的pharmacophore中3D pharmacophore和common pharmacophore这2个就做不了,但我没有做过Flexible Docking。 如果楼主用DS2.1做不了Flexible Docking,我推荐用AutoDock4做Flexible Docking。AutoDock做对接现在是主流
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发表于 2009-4-12 09:13:00 | 显示全部楼层
是不是license 有问题
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发表于 2009-4-12 10:46:00 | 显示全部楼层
我用ds2.1做ligand fit 和Flexible Docking都找不到结合位点,,但用autodock可以,,不知道是软件本身的问题还是自己操作的问题
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发表于 2009-4-12 19:16:00 | 显示全部楼层
我做过一次,耗时很长,用的是双CPU,四核。
对于找不到活性位点的问题,不知你用的受体是复合物还是单单受体?
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 楼主| 发表于 2009-4-12 23:01:00 | 显示全部楼层
楼上的老兄用的是linux版本的吗?如果是的话说明我的有问题啊.好烦人的东西啊.
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发表于 2009-4-13 10:34:00 | 显示全部楼层
我用的是windows版本的,linux版本好像破解的不完全,建议使用windows的
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发表于 2009-4-14 08:25:00 | 显示全部楼层
你的文件夹目录中最好不能有中文
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 楼主| 发表于 2009-4-14 16:07:00 | 显示全部楼层
原帖由 qixingbao07 于 2009-4-14 08:25 发表

你的文件夹目录中最好不能有中文
一般情况下,不管用什么软件我的目录都不会也有中文,不会有空格,所以这个应该不是问题啊.
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