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sybyl对接OK后,score得多少分算是好的结果?

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发表于 2009-4-10 09:09:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
sybyl对接OK后,score得多少分算是好的结果?我的4.6算好的吗?
[ 本帖最后由 雪山飞狐 于 2009-4-10 10:51 编辑 ]
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发表于 2009-4-10 10:03:00 | 显示全部楼层
[s:01] 关键是看结合模式,是否与晶体结构相一致。而打分基本上是相对比较的值,一般认为,-17kj/mol为正常对接的打分。
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 楼主| 发表于 2009-4-10 11:23:00 | 显示全部楼层
原帖由 yyhsz04 于 2009-4-10 10:03 发表

[s:01] 关键是看结合模式,是否与晶体结构相一致。而打分基本上是相对比较的值,一般认为,-17kj/mol为正常对接的打分。
你说的是autodock的对接结果吧?我说的是sybyl的对接结果。
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发表于 2009-4-10 12:11:00 | 显示全部楼层
打分在4以上的就可以认为此种结合是可以考虑的了,7啊8啊或者以上那就是了,不过有时候很高的打分不代表这个结合是好的,也要看对接后的分子结构是否可以接受.另外,低的打分也不一定就一定是结合不好,也有可能是参数的原因导致比较大的罚分,所以还是要自已判断.
个人理解

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发表于 2009-4-10 12:21:00 | 显示全部楼层
非常同意樓上的說法,有時打分的高低並不是一定的
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发表于 2009-4-10 14:43:00 | 显示全部楼层
如果说绝对值 应该大于5 不过最好有标准底物的分数作为对照 才有说服力
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发表于 2009-4-10 16:40:00 | 显示全部楼层
首先一点,打分只是参考。最重要的是和底物比较,看分子中关键部位的重合情况。你要知道蛋白质的活性位置的腔袋本身是没有的,是化合物诱导出来的,理论上讲,一个化合物对应一个腔袋,因此,只有与底物进行比较,才有说服力的。
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发表于 2009-4-10 23:39:00 | 显示全部楼层
打分越负越好,如果分数绝对值大于30说明该小分子与蛋白结合能力较好。
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发表于 2009-4-15 00:37:00 | 显示全部楼层
得分只是相对体系而言吧,很难说大于多少分就是好,有底物参照的话是最好的判断标准了。
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发表于 2010-5-16 16:34:00 | 显示全部楼层
谢谢分享。。。
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