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分子如何不跑出周期性边界条件的盒子

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发表于 2009-4-9 23:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我在模拟一个体系的时候 其中包含一个小分子, 我希望这个小分子在模拟的过程中不跑出周期性边界的盒子(我知道 在周期性边界条件中,分子从一端出来 就相当于从另外一边进去了,但是我现在希望他不从一边出来,),我想达到这样的效果,应该怎么办?
[ 本帖最后由 bay__gulf618 于 2009-4-10 13:16 编辑 ]
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论坛元老

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发表于 2009-4-10 12:39:00 | 显示全部楼层
wrapAll
请参考
namd user's guide 54页或
http://www.mdbbs.org/thread-9851-1-1.html
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