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autodock4将配体和受体dock成功后,如何得到配体和受体结合的pdb文件

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发表于 2009-4-8 09:07:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用autodock4将配体和受体dock成功后,如何得到出一个配体和受体结合的pdb文件?
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发表于 2009-4-8 09:28:00 | 显示全部楼层
直接将对接出来的结构坐标(pdb)
与大分子的结构坐标(pdb) 合并到一个pdb文件中即可
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 楼主| 发表于 2009-4-8 09:53:00 | 显示全部楼层
在pymol下调用对接出来的结构坐标pdbqt,有错误提示,是什么原因?
Error: 1
CmdException Exception in Tk callback
Function: [b]> (type: )
Args: ()
Traceback (innermost last):
File "d:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\Pmw\Pmw_1_2\lib\PmwBase.py", line 1747, in __call__
return apply(self.func, args)
File "d:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\pmg_tk\skins\normal\__init__.py", line 438, in file_open
self.cmd.load(ofile,quiet=0)
File "d:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\pymol\importing.py", line 585, in load
if _raising(r): raise pymol.CmdException
CmdException:
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发表于 2009-4-8 12:37:00 | 显示全部楼层
用ADT,analyze-> clusting ->show
选中某一个clust,
出现对话筐,
点击 &按钮。
出现对话框 set play options
点击 write complex
就okay了。
保存格式pdbqt
你可以转化为pdb格式
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发表于 2009-4-8 14:20:00 | 显示全部楼层
用命令get-docked从dlg文件中提取:
$ get-docked*.dlg
会生成配体的pdb文件
然后用随便一个视图软件打开受体和配体,保存在一起就可以了
推荐:
Openeye Vida
DSview
Molsoft ICM
UCSF Chimera
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 楼主| 发表于 2009-4-8 14:45:00 | 显示全部楼层
感谢,搞定了!
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发表于 2009-4-30 22:04:00 | 显示全部楼层
非常感谢楼上所有人。此文对me很有帮助。
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