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NAMD运行出错!最小化和预平衡不能fix和Constraint!

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发表于 2009-4-7 12:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
NAMD最小化和预平衡不能fix和Constraint!提示设置无效!
PS:conf文件
#############################################################
## JOB DESCRIPTION##
#############################################################
# Minimization and Equilibration of
# lea115 on a Water Surface
#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS##
#############################################################
structuresilea01.psf
coordinatessilea01.pdb
set temperature300
set outputnameem_pr_silea01
firsttimestep0
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmmon
parameterspar_all27_prot_lipid.inp
temperature$temperature
# Force-Field Parameters
excludescaled1-4
1-4scaling1.0
cutoff12.
switchingon
switchdist10.
pairlistdist13.5
# Integrator Parameters
timestep2.0;# 2fs/step
rigidBondsall;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq1
fullElectFrequency2
stepspercycle10
# Constant Temperature Control
langevinon;# do langevin dynamics
langevinDamping5;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp$temperature
langevinHydrogenoff;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Fixed atoms parameters
fixAtomson
fixAtomsForcesoff
fixAtomsFilefixbbsi01.pdb ;# fix backbone, OH2 and NA+
fixAtomsColB
# Output
outputName$outputname
restartfreq500;# 500steps = every 1ps
dcdfreq250
outputEnergies250
outputPressure250
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS##
#############################################################
# Spherical boundary conditions
#sphericalBCon
#sphericalBCcenter30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423
#sphericalBCr126.0
#sphericalBCk110
#sphericalBCexp12
# Periodic boundary conditions
cellBasisVector192.727 0 0
cellBasisVector20 36.072 0
cellBasisVector30 0 32.715
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT##
#############################################################
# Minimization
minimize500
reinitvels$temperature
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS##
#############################################################
# Fixed atoms parameters
fixAtomson
fixAtomsForcesoff
fixAtomsFilefixbb01.pdb ;# fix backbone atoms
fixAtomsColB
# Harmonic constraint parameters
constraintson
consexp2
consrefsilea01.pdb
conskfilekfcsi01.pdb ;# constrait movementon Z axis
conskcolB
constrainScaling1.0
selectConstraintson
selectConstrXoff
selectConstrYoff
selectConstrZon
run 5000000 ;# 10.0 ns
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发表于 2009-4-7 14:01:00 | 显示全部楼层
先参考一下
http://www.mdbbs.org/thread-10397-1-1.html
其他我再测试一下
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 楼主| 发表于 2009-4-8 05:01:00 | 显示全部楼层
首先,在此对版主bay__gulf618致以诚挚的谢意,因为版主恪尽职守,乐于助人,对求助贴响应积极、及时、且答复有理有据!!
我今天又重新尝试了一下,NAMD最小化和预平衡时,可以同时rigid、fix和Constraint!
下面总结一下失败的原因,通过自我批评,给大家提个醒!
前面错误的原因有三:
1. 命令拼写错误。如“fixedAtomson”写成了“fixAtomson” 等,导致命令不能识别,无效;
2. 命令的位置。参数要放在一起,不能Minimize后,再设置附加参数,继续run预平衡; 如果要minimize后,需要重新设置参数,可能要分步计算!
3. 有点与2相同,就是Minimize和预平衡时,需要两个不同的fixedAtoms 参数, 但不能在一步中同时设置,也可能要分步计算!
我的体系比较复杂,所以会遇到上面的rigid、fix和Constraint 等同时设定,简单体系可能注意前两点就可以了!
PS: 修改后的conf文件!
#############################################################
## JOB DESCRIPTION##
#############################################################
# Minimization and Equilibration of
# lea115 on a Water Surface
#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS##
#############################################################
structuresilea01.psf
coordinatessilea01.pdb
set temperature300
set outputnameem_pr_silea01
firsttimestep0
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmmon
parameterspar_all27_prot_lipid.inp
temperature$temperature
# Force-Field Parameters
excludescaled1-4
1-4scaling1.0
cutoff12.
switchingon
switchdist10.
pairlistdist13.5
# Integrator Parameters
timestep2.0;# 2fs/step
rigidBondsall;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq1
fullElectFrequency2
stepspercycle10
# Fixed atoms parameters
fixedAtoms on
fixedAtomsForces off
fixedAtomsFile fixbb01.pdb
fixedAtomsCol B
# Harmonic constraint parameters
constraintson
consexp2
consrefsilea01.pdb
conskfilekfcsi01.pdb
conskcolB
constraintScaling 1.0
selectConstraints on
selectConstrXoff
selectConstrYoff
selectConstrZon
# Constant Temperature Control
langevinon;# do langevin dynamics
langevinDamping5;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp$temperature
langevinHydrogenoff;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Output
outputName$outputname
restartfreq500;# 500steps = every 1ps
dcdfreq250
outputEnergies250
outputPressure250
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS##
#############################################################
# Spherical boundary conditions
#sphericalBCon
#sphericalBCcenter30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423
#sphericalBCr126.0
#sphericalBCk110
#sphericalBCexp12
# Periodic boundary conditions
cellBasisVector1 92.727 0 0
cellBasisVector2 0 36.072 0
cellBasisVector3 0 0 32.715
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT##
#############################################################
# Minimization
minimize500
reinitvels$temperature
run 5000000 ;# 10.0 ns
[ 本帖最后由 happyboy 于 2009-4-8 10:06 编辑 ]
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发表于 2009-4-8 15:44:00 | 显示全部楼层
是的
在namd后面的控制脚本中
minimize、run之间只能进行一些有限的参数修改
总体来说还是经常感觉不方便的
我总想
要是能在namd的conf文件中使用VMD提供的诸如atomselect和measure之类的函数就好了
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发表于 2009-4-8 16:14:00 | 显示全部楼层
尽管不能用vmd的语法,但还是能做一些类似的。
可以参考namd user‘s guide 的Tcl Forces and Analysis章节及
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/里的
User-Defined Forces in NAMD
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发表于 2009-4-8 21:12:00 | 显示全部楼层
是啊
这就我为什么用namd
现在我做的SMD
力就是自己写的
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发表于 2010-4-27 17:19:00 | 显示全部楼层
请问下
# Harmonic constraint parameters
constraintson
consexp2
consrefsilea01.pdb
conskfilekfcsi01.pdb
conskcolB
constraintScaling 1.0
selectConstraints on
selectConstrXoff
selectConstrYoff
selectConstrZon
上面consrefsilea01.pdb
conskfilekfcsi01.pdb这两行的pdb是怎么获得的 谢谢!!!
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发表于 2010-4-28 16:37:00 | 显示全部楼层
有两种方法:一是你可以在你使用的原始的pdb中修改,比如你使用B因子作标记,那就把B因子的数值改为你所需要的限制常数k值,只要非0就可(也就说你既达到了做标记的目的,也达到了定义k值的目的),这样你的consref和conskfile文件就可使用同一个pdb;
二是你可以重新做一个pdb文件,里面是你需要限制的原子的坐标信息,然后下面的修改可以参照方法一,你所需要的pdb也就产生了,呵呵
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发表于 2012-7-11 18:45:00 | 显示全部楼层
您好,我刚刚接触NAMD,对于您的解释不能很好的理解。coordinates 和consref里面的PDB文件有什么不同吗?例如我想限制碳管和水的体系中的碳管,是不是在consref的PDB中只写进碳管的信息就好了? 能给传一个跑constraint 的例子吗?感激不尽 。。谢谢 8# liqingwen
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