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pymol蛋白表面电子势能

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发表于 2009-4-6 19:52:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
哪位高人告诉我怎么用pymol看蛋白的表面电子势能呀谢谢,我下了apbs但编译总有问题,linux菜鸟
[ 本帖最后由 guoe2005 于 2009-4-6 19:54 编辑 ]
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发表于 2009-4-6 20:09:00 | 显示全部楼层
http://www.ebi.ac.uk/~gareth/pymol/一本的教程
http://www.youtube.com/watch?v=vDlyfk2zC-kyoutube上的相关视频教程
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发表于 2009-4-6 23:51:00 | 显示全部楼层
楼主,我用Win下的APBS+Pymol可以计算表面静电势.首先google找pdb2pqr 服务器,然后将你的pdb转换成pqr格式,在PyMOL中就可以使用了.linux下没用过.另外,你还可以使用一个叫做VASCo的PyMOL插件,你可以免费获得.只要你用edu邮箱注册就行了.VASCo是用DelPhi计算表面的,也很爽.呵呵,祝你好运.
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发表于 2009-4-7 10:46:00 | 显示全部楼层
我也是用的APBS+Pymol,在我的机子上pymol一定要装在C盘根目录下,APBS解压后拷到modules下就可以了,这样不用去pdb2pqr就行,直接用pdb文件就可以生成dx文件,我的机子太老了,计算一个20KD大小的蛋白差不多要用十分钟
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 楼主| 发表于 2009-4-7 11:35:00 | 显示全部楼层
thanks!!
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发表于 2009-4-7 18:41:00 | 显示全部楼层
原帖由 ganchao1776 于 2009-4-7 10:46 发表

我也是用的APBS+Pymol,在我的机子上pymol一定要装在C盘根目录下,APBS解压后拷到modules下就可以了,这样不用去pdb2pqr就行,直接用pdb文件就可以生成dx文件,我的机子太老了,计算一个20KD大小的蛋白差不多要用十分 ...
似乎这个和机器有关系,据APBS邮件组里说,只要temp文件所在文件夹下没有空格就可以用Pymol了.
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发表于 2009-4-7 20:47:00 | 显示全部楼层
中文路径也不可以把
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发表于 2009-9-2 14:42:00 | 显示全部楼层
确实不行 7# jsbach
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