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constrain需要另外做一个pdb文件么?

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发表于 2009-3-1 19:29:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
constrainson
consexp2
consref这里需要一个包含参考位置的pdb文件
conskfile这里需要一个限制力的pdb文件
conskcol这里指定力常数在pdb文件中的列序数
请问constrains应该如何设置呢?是否我要为这consref和conskfile这两个选项各写一个pdb呢?还是说可以是同一个pdb,包含要限制的那些原子的坐标和限制力常数。conskcol的X,Y,Z,O,B指的是pdb文件中X,Y,Z坐标和Occupation和T-coupling因子的那些列,要是我用这些列来写力常数了,那么这些列原来定义的量怎么办呢?
一般,大家是怎么做constrain的呢?
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发表于 2009-3-1 19:41:00 | 显示全部楼层
把初始坐标复制为一个consf.pdb文件, 把beta 列或(occupancy)中要限制力常数。两者不冲突。
constrainson
#consexp2默认为2
consrefconsf.pdb ;# 这里需要一个包含参考位置的pdb文件
conskfileconsf.pdb;#这里需要一个限制力的pdb文件
conskcolB;# 指定beta 列 这里指定力常数在pdb文件中的列序数
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 楼主| 发表于 2009-3-1 19:52:00 | 显示全部楼层
Thank you~
That's what I want!
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发表于 2009-3-1 19:55:00 | 显示全部楼层
一般只用到一列的,可以放在已经存在的尚有剩余的pdb 文件里面,正如上面提到的,初始坐标和力常数可以放到一个文件里面。
用到3列的要新建一个文件,如consForceFile, fixAtomsFile 等
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发表于 2012-8-17 15:53:00 | 显示全部楼层
4# bay__gulf618
请问
constrainson
#consexp2默认为2
consrefconsf.pdb ;# 这里需要一个包含参考位置的pdb文件
conskfileconsf.pdb;#这里需要一个限制力的pdb文件
conskcolB;# 指定beta 列 这里指定力常数在pdb文件中的列序数
这里包含参考位置的pdb文件是什么啊,是通过原始的pdb文件转化来的吗?
还有限制力的PDB文件,这又是怎么得来的?
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发表于 2012-8-21 12:34:00 | 显示全部楼层
5# Winipooh
namd-tutorial里面有例子,3.2.1Fixed and SMD Atoms,仔细看看就知道了
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