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关于run等等script|关于constraint设置

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发表于 2009-3-1 16:46:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
namd2.6中推出了一些script,包括run、minimize、checkpoint等等
有人熟悉么?
tutorial和ug里给出的一些conf文件例子最后部分都是:
minimize###最小化若干步
reintvels ###重新设置符合MB分布的随机速度
run ###跑若干步
有人知道为什么要reintvels么?
我想既然前面的部分已经定义了温度,就应该已经自动产生了速度,这么重新再来设置一次速度干嘛?
其实我现在是想平衡一个水溶液体系,希望先把蛋白constrain住,然后慢慢松开
这样似乎只能分若干步跑:每一步重设constraintscaling使其减小,然后run,不断循环,最终完全放开,即:
for {set i=0} {$i>-10} {incr i -1} {
constraintscaling [pow(2,i)]
run ###
}
(是这么写么


我想知道相邻的2次run,后一次是否继承了前一次的速度,我不希望要用reintvels重新分配一次速度
另外,有人知道constraint初始的力常数k设置多少比较合适么?
还有namd推出的脚本checkpoint、revert、measure是干什么的么?如何用?
谢谢

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发表于 2009-3-1 17:41:00 | 显示全部楼层
1
namd-tutorial 里说
reinitvels: Minimization is performed on the system after all
atomic velocities have been set to zero. This command resets
atomic velocities such that the system starts at the temperature
specified .
reinitvels用于能量最小化后,重新设定速度。
直接用temperature 设定与使用这个设定产生的速度分布是相同的。
2
今天试过把const常数设为5,分子几乎看不到运动,正在测试1.
你可以根据自己的体系试一下。
3
可以使用(bin)velocities 从上次的vel文件中读入速度,这个同temperature 不能同时使用
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发表于 2009-3-1 17:43:00 | 显示全部楼层
那些checkpoint、revert、measure等脚本还没有用过。
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 楼主| 发表于 2009-3-1 17:49:00 | 显示全部楼层

就是说最小化之后所有速度清零
我试试
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发表于 2009-3-1 17:52:00 | 显示全部楼层
我刚刚试过使这个样子的。
之前都没有想到这些细节。
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 楼主| 发表于 2009-3-1 17:59:00 | 显示全部楼层

这。。。
我刚刚试过
连续2个run之间速度重新分配了,即
run 10
output aaa
run 0
output bbb
之后发现aaa.vel和bbb.vel根本就不一样
对了
那该怎么做慢慢放松的constraint呢?
难道每次output保存速度
然后下次run之前再读入速度
这么麻烦么
如果这样
那么前面也是不能设置温度的
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发表于 2009-3-1 18:18:00 | 显示全部楼层
试过一些办法不行。
非要做到一个循环里面可以使用linux 的shell 处理这个循环。
制作一个最初的速度文件,然后每次循环执行一次namd2 *.conf,conf 在每次循环中一些变量发生变化,由某个文本编辑器修改。
namd 的tutorial 我还没有看完,惭愧。
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发表于 2009-3-1 19:22:00 | 显示全部楼层
你说的这些脚本是在什么地方,安装包里面还是user's guide里面哦?
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发表于 2009-3-1 19:37:00 | 显示全部楼层
是namdug第二章里面提到的
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 楼主| 发表于 2009-3-1 21:32:00 | 显示全部楼层
我做了些试验,觉得更奇怪了
结论:
reinitvels得到速度是随机的
run 0得到的结果是固定的(因此速度没有随即产生),且与T和P的控制参数无关
run 0改变了速度
试验如下:
把aaa作为起始的速度、坐标和盒子文件
两次独立的run 0得到bbb和ccc(同样的conf文件,NPT)
一次run o得到ddd(NVE)
两次独立的重新产生速度得到eee和fff
一次run 20得到a20
run10,得到的结果再run 10,得到a10_2
结果是:(指速度)
bbb=ccc=ddd
aaa、bbb、eee、fff互不相等
a20不等于a10_2
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