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怎么修改pdb文件中的数据?

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发表于 2009-3-1 10:05:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我遇到一个难题:需要将pdb文件中的segment name置换成另外一个,用tcl编程序时怎么写(用vmd的tk接口调用改程序)?急用,多谢。。。
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论坛元老

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发表于 2009-3-1 11:25:00 | 显示全部楼层
可以用tcl 调用linux 下的tr 命令
比如把aaa.pdb 中的ABC 替换为DEF,写到bbb.pdb中,可以
tr “ABC” “DEF”  bbb.pdb
注意2个字段的长度相同,可以用空格填充。
在tcl 下,用
eval exec tr "ABC" "DEF"  bbb.pdb
调用
上述方法只用于linux 系统下。
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 楼主| 发表于 2009-3-1 11:50:00 | 显示全部楼层
噢,知道了,多谢
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发表于 2009-3-1 17:18:00 | 显示全部楼层
虽然我没有用linux,
但是还是要感谢啊
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发表于 2009-3-1 17:32:00 | 显示全部楼层
这样:
set tobechanged [atomselect top "#####"]选择你要更改segname的部分,#####是用来选择的那一串东西
$tobechanged set segname *****更改segname,*****是新的segname
set allpdb [atomselect top "all"]选择所有原子,相当与选中了整个pdb文件(segname已修改)
$allpdb writepdb %%%%%.pdb%%%%%.pdb是新的pdb文件名
[ 本帖最后由 blueteaxk 于 2009-3-1 17:34 编辑 ]
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发表于 2009-3-1 19:55:00 | 显示全部楼层
我做这事情的话会选择psfgen,psfgen可以读入pdb,然后把它指定成一个segment,而不论原来的segment叫啥名字。
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发表于 2009-3-1 21:17:00 | 显示全部楼层
偶不会用psfgen
这个太复杂了
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 楼主| 发表于 2009-3-1 23:33:00 | 显示全部楼层
的确用,在论坛中学到了许多东西,更节省了不少时间。多谢多谢。。。
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发表于 2012-5-28 15:46:00 | 显示全部楼层
’set segname ‘有这么一条命令么? 那么 以此类推 residue type 别的都可用么?
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