请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
查看: 465|回复: 4

em时候,一些md限制是否起作用

[复制链接]

173

主题

2919

帖子

6017

积分

论坛元老

Rank: 8Rank: 8

积分
6017
发表于 2009-2-28 10:19:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
当一个任务同时有em 和md,并对md 过程设置了一些限制,比如固定某些原子,固定键长等,那么这些限制在em 中是否起作用?
回复

使用道具 举报

28

主题

226

帖子

486

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
486
发表于 2009-2-28 21:08:00 | 显示全部楼层
这些限制应该是存在的
因为我经常做一些优化 比如说固定溶质 优化溶剂
这时em的参数跟md基本一样 区别只是一个是minimize 一个是run而已
你自己跑一个作业试试看不就行了
[ 本帖最后由 captain 于 2009-2-28 21:10 编辑 ]
回复

使用道具 举报

173

主题

2919

帖子

6017

积分

论坛元老

Rank: 8Rank: 8

积分
6017
 楼主| 发表于 2009-2-28 21:41:00 | 显示全部楼层
测试过
fix 限制存在
rigid 限制不存在
回复

使用道具 举报

31

主题

205

帖子

447

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
447
发表于 2009-3-1 19:59:00 | 显示全部楼层
原帖由 bay__gulf618 于 2009-2-28 21:41 发表

测试过
fix 限制存在
rigid 限制不存在
rigid限制是在哪里设定的呢?我原以为限制就是fixed和harmonic constrain两种~~~
回复

使用道具 举报

173

主题

2919

帖子

6017

积分

论坛元老

Rank: 8Rank: 8

积分
6017
 楼主| 发表于 2009-3-1 20:06:00 | 显示全部楼层
rigid 可以固定键长键角等
比如 rigidBondswater/all ;#可以固定全部/水的键长,可以把积分步长设为2fs。
详见namd_ug2.6第50叶
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|分子模拟论坛

GMT+8, 2020-7-3 01:46 , Processed in 0.078497 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表