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加膜

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发表于 2008-12-25 19:40:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
有没有人对蛋白加双层膜的啊?我现在在做这个,用的是网上的程序inflategro,但是总出错,哪位用过能不能详细介绍一下这个程序的使用方法。
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发表于 2008-12-28 14:11:00 | 显示全部楼层
可以参考一下我发的这个帖子:
http://simulation.5d6d.com/thread-8866-1-1.html
http://www.mdbbs.org/thread-8866-1-1.html





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发表于 2009-1-6 09:18:00 | 显示全部楼层
#VMD script
#prepare lipid bilayer
package require membrane
membrane -l POPC -x 100 -y 100 -o membrane
mol delete all
#prepare protein
mol load psf protein.psf pdb protein.pdb
set sel [atomselect top "all"];
$sel moveby {0 0 0};#use your own script to move protein;
$sel writepdb protein_moved.pdb
mol delete all;
#combine lipids and protein
package require psfgen
readpsf protein.psf
readpsf membrane.psf
coordpdb protein_moved.pdb
coordpdb membrane.pdb
writepdb protein_lipids.pdb
writepsf protein_lipids.psf
是不是很方便,呵呵
[ 本帖最后由 chenjung0825 于 2009-1-6 11:23 编辑 ]
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发表于 2009-2-11 22:12:00 | 显示全部楼层
哦?VMD也可以直接调用psfgen哦?
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发表于 2009-2-11 22:13:00 | 显示全部楼层
原帖由 chenjung0825 于 2009-1-6 09:18 发表

#VMD script
#prepare lipid bilayer
package require membrane
membrane -l POPC -x 100 -y 100 -o membrane
mol delete all
#prepare protein
mol load psf protein.psf pdb protein.pdb
set sel ...
收藏C老大这段代码。
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论坛元老

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发表于 2009-2-12 10:20:00 | 显示全部楼层
好像还需要把重叠的部分删掉才行
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