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进行了一个NPT体系的MD,势能曲线这样变化这正常吗,这说明什么问题。

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发表于 2008-12-24 09:17:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我先是用1000bar来压缩一个很大盒子的体系,接着我用这个压缩得来的体系在我要研究的条件下来跑5ns的MD,查看势能曲线如图,为什么这曲线在4ns-5ns处下降了呢?这说明什么问题呢?
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发表于 2008-12-24 16:23:00 | 显示全部楼层
你看看你的轨迹,是不是盒子又炸了?挺奇怪了。你的1000bar的阶段最后跑稳定下来了吗?
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 楼主| 发表于 2008-12-24 20:25:00 | 显示全部楼层
我1000bar时,跑了500ps,我看了势能的变化曲线。。盒子炸了,是怎么一回事?从轨迹中,怎么看出是盒子炸了?
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 楼主| 发表于 2008-12-25 09:52:00 | 显示全部楼层
1000bar 是稳定的,不过就跑了500ps
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发表于 2008-12-26 14:46:00 | 显示全部楼层
不对呀,你的这个potential怎么是正值呀?下降到某个恒定的负值才对呀。看来是体系没有稳定好,你的是从很稀的体系,然后压成正常的体系吗?多跑一段时间吧
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 楼主| 发表于 2009-1-12 21:22:00 | 显示全部楼层
原帖由 bridgeqbf 于 2008-12-26 14:46 发表

不对呀,你的这个potential怎么是正值呀?下降到某个恒定的负值才对呀。看来是体系没有稳定好,你的是从很稀的体系,然后压成正常的体系吗?多跑一段时间吧
想问一下,如果我的体系最终的potential一直是正的,这可能吗?有什么说法说potential应该是负值呢?
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