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分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums

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vmd 生成 mol2文件

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发表于 2008-12-23 16:33:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
用vmd 语言中有writepdb 和writepsf。
但是我想从里动力学轨迹中批量转化存储为 mol2格式,
该怎么做呢?
谢谢!
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发表于 2008-12-23 20:11:00 | 显示全部楼层
用sybyl模块或openeye!
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 楼主| 发表于 2008-12-23 20:27:00 | 显示全部楼层
能说的明确点吗?
是每一个分子都生成一个mol2格式,不是所有的分子一个mol2
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发表于 2008-12-24 12:02:00 | 显示全部楼层
可以用shell 语言来处理
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 楼主| 发表于 2008-12-28 15:03:00 | 显示全部楼层
不好意思,最近出去几天有事刚回来!
shell 语言该怎么处理呢?
帮帮忙,我编程序不咋样,只会改不会自己编,所以请你给个样本,好啊?
谢谢啊!
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发表于 2009-1-6 09:05:00 | 显示全部楼层
$sel writemol2 filename.mol2
菜单里面操作也行,默认pdb,改成mol2即可
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发表于 2009-1-9 16:56:00 | 显示全部楼层
选择 File-Save Coordinates。哈哈,你看看里面的选项吧。
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 楼主| 发表于 2009-1-12 12:54:00 | 显示全部楼层
谢谢啊,我看VMD中好像没有没有writemol2 命令,所以没有考虑用过,
我会试试,
谢谢,
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