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[Gaussian] 并行高斯源代码编译方法

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发表于 2008-12-23 15:53:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
并行高斯源代码编译方法本着学习、研究的态度,经过几昼夜的尝试和努力,终于在集群上成功编译了64位并行版高斯,现将编译过程写出来与大家共享:
1.
安装pgi编译器,这个是高斯的编译器,机器上必须安装。可以从网上下个rpm的安装包,rpm包的安装很容易,在安装包目录下输入:rpm –ivh filename.rpm (filename.rpm为rpm包的文件名)
2.
解压高斯源文件和linda文件。假设你的高斯源代码包和linda分别为g03XXX.tar.gz

OPTLINDA.TAZ

,以root用户登陆机器(我是为了避免编译时出现权限限制,但得到的文件都属于root用户和组,需要在最后改过来就可以了),将其拷贝到共享目录/share/apps下(这个目录是我自己集群的共享目录,在主节点上的真实路径为/export/apps,但共享出去的时候用的是别名/share/apps,一般集群现在都这样??)下面的目录都是以我为例的,安装时请自己改成实际目录
然后用如下命令:
cd /share/apps
特别注意,后续安装都在该路径下,千万不能是/export/apps,虽然指向的是一样的内容,但因为是以/share/apps共享给子节点的,如果用cd /export/apps,然后再安装编译的话,一些参数和环境变量都会是/export/apps,而子节点只有共享的/share/apps目录,因此编译成功了子节点也会因为找不到路径而无法运行任务的。我一开始没有意识的这个问题,编译成功了但总是无法运行,浪费了好几天时间,后来实在没办法,挨个文件检查,查看环境变量,看到/export/apps才突然意识到。
再接着输命令:
/bin/csh
#
进入
c shell
setenv g03root “/share/apps”
#设置高斯的安装目录为/share/apps
cd $g03root
#进入高斯的安装目录
cat
g03XXX.tar.gz
| zcat | tar xvf -
#解压缩文件,假设在当前目录下得到g03文件夹
cd g03
tar –zxvf OPTLINDA.TAZ
#
得到linda7.1-amd64文件夹,文件夹下有一个opteron-linux-I8文件夹(一会要用到),再下一层目录是bin和lib
3.
建立linda的符号链接linda7.1:
ln –s linda-amd64 linda7.1
#这里非常重要,一定要和正确的linda版本链接。朋友借我测试的高斯源码包下原来还有个linda-ia32的文件夹,而且链接linda7.1也是已经有的,我就没注意多看,编译完成后每次到并行l302.exel的时候就自动退出不算了(我的道路可真曲折啊,55555。。。),我怎么也找不到原因,尝试多次都不成功,又耽搁了两天时间。后来实在没了耐了,到高斯目录下挨个文件查看(命苦啊)。才发现还有个linda-ia32的文件夹,而且linda7.1是和该文件夹链接在一起的。才恍然大悟,集群机器都是intel em64t的,结果装了个32位的linda,自然不行了。然后就删了linda7.1,再重新建立。
同样删除已有文件链接ntsnet flc 和 clc,然后再建链接
ln –s linda7.1/opteron-linux-I8/bin/ntsnet ntsnet
ln –s linda7.1/opteron-linux-I8/bin/flc flc
ln –s linda7.1/opteron-linux-I8/bin/clc clc
4.
开始安装编译,前面工作做好了以下就简单了
bsd/install
make -f bsd/i386.make clean
make -f gau.makefile
source bsd/g03.login
bsd/bldg03 >& bldg03.log &
等待十几、二十分钟左右,就ok了,你会看到好多exe和exel结尾的文件。呵呵,那就对了。
5.
修改文件夹属性
cd /share/apps
chgrp –Rf g03 g03
#更改用户组,我自己集群的高斯用户组为
g03
chown –Rf g03 g03
#更改用户
6.
最后修改用户环境变量
假设用户名为newbie 属于高斯用户组,进如其home目录,修改
cd /home/newbie
vi .bash_profile
在最后添加如下内容(以bsh为例):
g03root="

/share/apps
"
#
注意,不能填
/export/apps
GAUSS_SCRDIR=”scrdir”
#
scrdir
为临时文件目录,设不设都行,不设置的话可以不要这行如果不设置,默认是提交高斯任务的路径
export g03root GAUSS_SCRDIR

如果上面没设置
GAUSS_SCRDIR,
这里也不要
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
#前面有个点.
修改保存后输入:source .bash_profile
搞定!!
可以开始计算了!:)
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发表于 2008-12-23 16:46:00 | 显示全部楼层
楼主是个小牛牛,前途不可限量!发了别忘了老乡!
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发表于 2008-12-23 18:07:00 | 显示全部楼层
谢谢分享
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发表于 2013-12-13 14:27:00 | 显示全部楼层
以前编译过98版,挺复杂的。
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发表于 2014-1-28 08:23:00 | 显示全部楼层
以前编译过98版,挺复杂的。
molucule 发表于 2013-12-13 14:27


高斯源码不是对兲潮禁售的么?
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