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gmx中构造小分子的top文件

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发表于 2007-12-9 23:19:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
将gromacs网站上的一个工具编译了一下,并把需要的dat文件打包在了一起。
这个工具可以帮助把一个mol2文件(用前面那个babel就可以得到),转化成gro文件,
并生成一套top文件,可选的力场为amberxx,和gaff。
包里提供了一个例子,具体的命令参考bat文件。
*可能会有bug,我在处理苯环时就出了问题。
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 楼主| 发表于 2007-12-10 10:37:00 | 显示全部楼层
这个不能分配电荷,prodrg上的似乎有个片段库。
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发表于 2008-5-5 09:36:00 | 显示全部楼层
有用吗?我试试看!!谢谢!!!!!
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