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[分子库] PubChem分子库

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发表于 2018-8-3 14:07:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

PubChem

PubChem,即有机小分子生物活性数据,是一种化学模组的数据库,由美国国家健康研究院( US National Institutes of Health,NIH)支持,美国国家生物技术信息中心负责维护。

PubChem数据库包括 3个子数据库: PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据,实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献; PubChem Compound 库用于存储整理后的化合物化学结构信息; PubChem Substance 用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。

访问PubChem网站点击打开链接

PubChem分子库下载

访问PubChem的FTP服务器


浏览化合物库,找到3D-Compound




复制想下载数据的URL


Centos7下wget命令批量自动下载分子库文件

下载前确保足够硬盘空间。

命令端运行wget -m -np空格+URL

wget -m -np ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound_3D/01_conf_per_cmpd/SDF/

下载目录里面会看到不断下载下来的文件,等待下载完成!




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