请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
查看: 98|回复: 0

[HTMD] ACEMD入门:利用HTMD进行(MD)项目实践

[复制链接]

99

主题

117

帖子

434

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
434
发表于 2018-8-7 14:36:06 | 显示全部楼层 |阅读模式


前面几篇介绍了ACEMD的安装、入门使用以及可视化,本文将综合前面的内容,实战一个小的分子动力学项目。

Projections in HTMD
#!/usr/bin/python3
# coding: utf-8
# In[1]:导入模块,开启可视化
from htmd.ui import *
config(viewer='webgl')
%pylab inline

# In[2]:交互式可视化轨迹
mol = Molecule('ntl9_structure.pdb')
mol.read('ntl9_trajectory.xtc')
mol.filter('protein')
mol.view()

# In[3]:可视化PDB
crystal = Molecule('ntl9_crystal.pdb')
crystal.view()

# In[4]:计算rmsd,并绘图
metr = MetricRmsd(crystal, 'protein and name CA')
proj = metr.project(mol)

plt.plot(mol.fstep*np.arange(len(proj)), proj)
_ = plt.xlabel('Time (ns)')
_ = plt.ylabel('RMSD to crystal')

# In[5]:获取项目的simlist
sims = simlist(glob('datasets/1/filtered/*/'), 'datasets/1/filtered/filtered.pdb')
metr = Metric(sims)
metr.set(MetricDistance('protein and name CA', 'resname MOL and noh', metric='contacts'))
data = metr.project()
data.fstep = 0.1

# In[6]:Working with data maps
print(data.dat[14].shape)
# In[7]:获取map头部数据
data.map.head()

# In[8]:建立mapping,获取其头部数据
mapping = MetricSelfDistance('protein and name CA').getMapping(mol)
mapping.head()

# In[9]:索引pandas数据框
data.map.iloc[20:22]

# In[10]:使用数据框索引
data.map.loc[20]

# In[11]:获取map特定位置数据
data.map['description'][20]

参考资料
  • https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/projections.html
  • http://gainstrong.net/works/hudong/
  • https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/htmd-molecules.html
  • https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/visualization.html





来源:格致斯创(北京)科技有限公司
http://gainstrong.net/works/hudong/2018-02-08/95.html

回复

使用道具 举报

Archiver|手机版|小黑屋|分子模拟论坛  

GMT+8, 2018-10-23 03:01 , Processed in 0.087440 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.3

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表