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VACF和VDOS计算

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发表于 2012-7-4 15:41:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
分享一下计算速度自相关函数(Velocity Autocorrelation Function, VACF)和声子态密度(Vibrational Density of States, VDOS)的一个python程序,欢迎使用并提宝贵意见。
使用方法:
1. 要用这个代码,首先要安装python和numpy,安装方法这里不做介绍了。
2. 用类似下面的lammps命令输出需要算vdos的原子的速度到文件:
dump    vdos dos_Si custom1vdos.fft.Si.dat id type vx vy vz
3. 设定vdos.py中的一些参数,主要是
ofile1 = './VACF.normalized.dat'   # VACF文件的名字
ofile2 = './VDOS.normalized.dat'    # VDOS文件的名字
ifile = './vdos.fft.Si.dat'        # 速度文件的名字
nmax = 10000 #使用前nmax个数据。
timestep = 0.0005  # ps
colx = 2 # vx的列数,注意列数是从0开始计算的
coly = 3 # vy的列数,注意列数是从0开始计算的
colz = 4 # vz的列数,注意列数是从0开始计算的
s = 1   #Sample interval
4. 运行vdos.py
python vdos.py
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发表于 2012-7-11 21:57:00 | 显示全部楼层
好东西!
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发表于 2013-3-6 18:03:00 | 显示全部楼层
首先我要感谢楼主,提供这么好的资源,尤其是对于正在为怎么计算VDOS而发愁的同学来说,我难以掩饰内心的喜悦。其次,我想问一下速度点的选取方法,假如我用LAMMPS计算一个由一万个原子组成的模型,要跑1000000步,那应该每多少步输出一次速度?这么多原子该怎么求平均呢?
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发表于 2018-11-23 15:21:36 | 显示全部楼层
能麻烦您再发一份吗,没有文件了,菜鸟一枚找了好久都没找到
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