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本帖最后由 beloved2010 于 2012-6-9 15:28 编辑
在没有师兄师姐亲自教的情况下,我只有抽时间自学Autodock,我在网上下载了一个名为《AutoDockTools_分子对接_中文》的教程,它比较详细,但是起初,我按照教程来学习,却经常出现错误,经过一段时间的摸索,我终于发现了教程中存在的一些小错误(这纯属我个人看法,如有谬误,请恕我才疏学浅),并且适当予以改正,终于成功地进行了分子对接。现在将我的学习心得与大家分享希望对刚接触ADT的朋友有所帮助。同时也非常感谢原作者的无私奉献,才让我有机会在此与大家交流学习心得。
原教程大家可以到网上下载,很多地方都有。下载之后可以按照原教程操作,在我后面将要提到的地方适当更改操作方法即可。
1.获取Receptor(受体)及Ligand(配体)结构文件
我们可以从蛋白质晶体数据库网站上下载“1hsg.pdb”文件,运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件来将“1hsg.pdb”中的蛋白质受体和小分子配体分离开来,保存成两个单独的文件(受体文件“1hsg.pdb”以及配体文件“ind.pdb”) 以备后面使用。
因为不会上述分离方法(~我在网上寻找未果,求高手不吝赐教~),我采用的方法是,将下载的1hsg.pdb 以txt格式打开(或者使用文本阅读软件如Notepad等进行编辑)后,将代表配体MK1的原子坐标行删掉,再保存为“1hsg.pdb”,即可得到不含配体的受体文件。同时在上述晶体下载地址下载其配体文件“Ligands.sdf”,经Pymol软件打开后再保存为“ind.pdb”。
7.准备AutoGrid参数文件
ADT菜单:Grid → Set Map Types → Choose Ligand… 选择之前准备好的Ligand分子“ind”,如果之前删除了该分子则通过ADT菜单:Grid → Set Map Types → Open Ligand… 打开“ind.pdbqt”文件。
ADT菜单:Grid → Set Map Types → Choose FlexResidue 选择之前准备好的“hsg1_flex.pdbqt”。(这个是原教程中没有,也许是原作者遗漏的)
ADT菜单:Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框,将格子的大小设置为X,Y,Z:60,60,66,格点间隔为默认值0.375 Å,这样格子中共包含249307个格点。
ADT菜单:Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框,选择:“Center——Center on macromolecular”,格子将会包括受体活性中心。设置完成后点击Grid Options菜单中:File → Close saving current 保存并关闭对话框。
(补充说明一点:如果按照原教程所说,将格子中心设为2.5,6.5,-7.5(x,y,z),将会出现格子偏离受体活性中心的现象。)
以上就是我对原教程的更正,希望对大家有所帮助。如果有高手或者原作者看到,对此有不同看法的,也可以回帖告诉我。
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