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本帖最后由 beloved2010 于 2012-6-9 15:28 编辑
在没有师兄师姐亲自教的情况下，我只有抽时间自学Autodock，我在网上下载了一个名为《AutoDockTools_分子对接_中文》的教程，它比较详细，但是起初，我按照教程来学习，却经常出现错误，经过一段时间的摸索，我终于发现了教程中存在的一些小错误（这纯属我个人看法，如有谬误，请恕我才疏学浅），并且适当予以改正，终于成功地进行了分子对接。现在将我的学习心得与大家分享希望对刚接触ADT的朋友有所帮助。同时也非常感谢原作者的无私奉献，才让我有机会在此与大家交流学习心得。
原教程大家可以到网上下载，很多地方都有。下载之后可以按照原教程操作，在我后面将要提到的地方适当更改操作方法即可。
1．获取Receptor（受体）及Ligand（配体）结构文件
我们可以从蛋白质晶体数据库网站上下载“1hsg.pdb”文件，运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件来将“1hsg.pdb”中的蛋白质受体和小分子配体分离开来，保存成两个单独的文件（受体文件“1hsg.pdb”以及配体文件“ind.pdb”） 以备后面使用。
因为不会上述分离方法（~我在网上寻找未果，求高手不吝赐教~），我采用的方法是，将下载的1hsg.pdb 以txt格式打开（或者使用文本阅读软件如Notepad等进行编辑）后，将代表配体MK1的原子坐标行删掉，再保存为“1hsg.pdb”，即可得到不含配体的受体文件。同时在上述晶体下载地址下载其配体文件“Ligands.sdf”，经Pymol软件打开后再保存为“ind.pdb”。
7．准备AutoGrid参数文件
ADT菜单：Grid → Set Map Types → Choose Ligand… 选择之前准备好的Ligand分子“ind”，如果之前删除了该分子则通过ADT菜单：Grid → Set Map Types → Open Ligand… 打开“ind.pdbqt”文件。
ADT菜单：Grid → Set Map Types → Choose FlexResidue 选择之前准备好的“hsg1_flex.pdbqt”。（这个是原教程中没有，也许是原作者遗漏的）
ADT菜单：Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框，将格子的大小设置为X，Y，Z：60，60，66，格点间隔为默认值0.375 Å，这样格子中共包含249307个格点。
ADT菜单：Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框，选择：“Center——Center on macromolecular”，格子将会包括受体活性中心。设置完成后点击Grid Options菜单中：File → Close saving current 保存并关闭对话框。
（补充说明一点：如果按照原教程所说，将格子中心设为2.5，6.5，-7.5（x，y，z），将会出现格子偏离受体活性中心的现象。）
以上就是我对原教程的更正，希望对大家有所帮助。如果有高手或者原作者看到，对此有不同看法的，也可以回帖告诉我。
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发表于 2012-6-5 22:43:00
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