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初学AutoDock Tools (ADT)的心得与感受

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发表于 2012-6-5 22:43:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 beloved2010 于 2012-6-9 15:28 编辑
  在没有师兄师姐亲自教的情况下,我只有抽时间自学Autodock,我在网上下载了一个名为《AutoDockTools_分子对接_中文》的教程,它比较详细,但是起初,我按照教程来学习,却经常出现错误,经过一段时间的摸索,我终于发现了教程中存在的一些小错误(这纯属我个人看法,如有谬误,请恕我才疏学浅),并且适当予以改正,终于成功地进行了分子对接。现在将我的学习心得与大家分享希望对刚接触ADT的朋友有所帮助。同时也非常感谢原作者的无私奉献,才让我有机会在此与大家交流学习心得。
  原教程大家可以到网上下载,很多地方都有。下载之后可以按照原教程操作,在我后面将要提到的地方适当更改操作方法即可。
  
1.获取Receptor(受体)及Ligand(配体)结构文件
  我们可以从蛋白质晶体数据库网站上下载“1hsg.pdb”文件,运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件来将“1hsg.pdb”中的蛋白质受体和小分子配体分离开来,保存成两个单独的文件(受体文件“1hsg.pdb”以及配体文件“ind.pdb”) 以备后面使用。
  因为不会上述分离方法(~我在网上寻找未果,求高手不吝赐教~),我采用的方法是,将下载的1hsg.pdb 以txt格式打开(或者使用文本阅读软件如Notepad等进行编辑)后,将代表配体MK1的原子坐标行删掉,再保存为“1hsg.pdb”,即可得到不含配体的受体文件。同时在上述晶体下载地址下载其配体文件“Ligands.sdf”,经Pymol软件打开后再保存为“ind.pdb”。
   
7.准备AutoGrid参数文件
ADT菜单:Grid → Set Map Types → Choose Ligand… 选择之前准备好的Ligand分子“ind”,如果之前删除了该分子则通过ADT菜单:Grid → Set Map Types → Open Ligand… 打开“ind.pdbqt”文件。
ADT菜单:Grid → Set Map Types → Choose FlexResidue 选择之前准备好的“hsg1_flex.pdbqt”。(这个是原教程中没有,也许是原作者遗漏的)
ADT菜单:Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框,将格子的大小设置为X,Y,Z:60,60,66,格点间隔为默认值0.375 Å,这样格子中共包含249307个格点。
ADT菜单:Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框,选择:“Center——Center on macromolecular”,格子将会包括受体活性中心。设置完成后点击Grid Options菜单中:File → Close saving current 保存并关闭对话框。
(补充说明一点:如果按照原教程所说,将格子中心设为2.5,6.5,-7.5(x,y,z),将会出现格子偏离受体活性中心的现象。)
  以上就是我对原教程的更正,希望对大家有所帮助。如果有高手或者原作者看到,对此有不同看法的,也可以回帖告诉我。
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发表于 2012-6-6 09:10:00 | 显示全部楼层
英语还行的话推荐看英文的
http://www.scripps.edu/~sanner/python/adt/Tutorial/
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发表于 2012-6-6 09:12:00 | 显示全部楼层
之所以推荐直接看英文的
(1)翻译有时候不够准确全面
(2)不便于原理理解
这有个pdf的
https://www.nbcr.net/pub/wiki/up ... 008-AD4Tutorial.pdf
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 楼主| 发表于 2012-6-6 11:24:00 | 显示全部楼层
呵呵,非常感谢,感觉不错, 看了中文教程之后,对ADT有了一定认识,再看英文就感觉容易理解一些。
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发表于 2012-6-6 21:33:00 | 显示全部楼层
lz共享精神很好
对接类的软件基本概念都差不多 只是算法和打分的差异
一开始应该多了解一下每步在干什么 这样就不会觉得很迷茫了
只要做过一个 做其他的就会很容易上手了
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 楼主| 发表于 2012-6-7 09:41:00 | 显示全部楼层
lz共享精神很好
对接类的软件基本概念都差不多 只是算法和打分的差异
一开始应该多了解一下每步在干什么 这样就不会觉得很迷茫了
只要做过一个 做其他的就会很容易上手了
yao 发表于 2012-6-6 21:33
呵呵,其实我也是本着“我为人人,人人为我"的论坛原则和目的来与大家交流学习的,我也是一名初学者,能体会到初学者在开始接触分子模拟时的迷茫,我既然是论坛资源共享的受益者之一,我就应该把我的经验拿出来与大家分享,只要能帮助到一些人,也就足够了。你说的很对,只要对一个对接软件熟悉了,其他的对接软件可能就很容易上手了,我现在刚学ADT,有机会的话还会学习其他的对接软件的。
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 楼主| 发表于 2012-6-6 21:33:00 | 显示全部楼层
请问各位高手,怎样运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件将蛋白质受体和小分子配体分离开来,保存成两个单独的文件?请各位不吝赐教~~
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发表于 2012-6-15 17:25:00 | 显示全部楼层
7# beloved2010 ADT里面把你不要的选中或要保留的选中再反选,edit里面删除选中的部分,write新的pdb或pdbqt就行。
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发表于 2012-6-15 19:33:00 | 显示全部楼层
目前来说,分子对接是化学信息学或者叫计算化学的入门实验,autodock,autodock ina,DOCK都是经典的软件,非常适合初学者使用。
当然也有一些其他的免费的对接软件例如iGEMdock,paradocks,界面操作很简单。
而一些免费的对接打分也可以尝试使用,例如NNScore,X-Score。
进一步可以用ambertools进行参数化,用NAMD进行MD松弛或者能量优化;用一下MM PB/SA。
当然也可以采用SQM软件MOPAC2012的PM6-DH或者PM6-DHx来计算相互作用。
这是一个逐步的过程。
分离小分子和蛋白最好保存成两个文件,分的清楚,不要怕麻烦。请问各位高手,怎样运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件将蛋白质受体和小分子配体分离开来,保存成两个单独的文件?请各位不吝赐教~~
beloved2010 发表于 2012-6-15 17:25
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发表于 2012-6-15 21:37:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 eming 于 2012-6-16 02:18 编辑
本着你 你为人人,人人为你的精神,我就简单地示范了一下,望简单参考 视频的地址是http://you.video.sina.com.cn/api/sinawebApi/outplayrefer.php/vid=79353479_2202563242/s.swf
或者http://you.video.sina.com.cn/peuapeu这个新浪很奇怪的,我自己上传的;我看不了
http://you.video.sina.com.cn/api/sinawebApi/outplayrefer.php/vid=79353479_2202563242/s.swf
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