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我也说说我的编程经验

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发表于 2012-5-31 13:10:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
不知不觉从事分子动力学模拟已有两年,在这两年里得到了很多人的帮助,今天在这里写下自己的一些经验,有说的不对的地方希望大家批评指正。
  2010年十月份的时候我开始接触分子动力学,在我之前实验室没有人做过相关课题,老师也对这一课题一无所知,因此当时我所面对的困难可想而知。在网上搜索到该论坛,并阅读了一些相关帖子,想选择一种合适的软件进行该课题的研究,但老师一直对我们说,现成软件就想一个黑匣子,你只能知道进去的与出来的结果,对其细节却一无所知,如果遇到问题也无从下手,坚持让我们自己编写相关程序。论坛上cuiloveyang的帖子对我的帮助挺大。http://www.mdbbs.org/thread-14680-1-1.html在此向他表示感谢。 闲话少叙,下面说一说我自己的一些经验。
做分子动力学最重要的是确定势能函数。因此,编程之前要阅读一些与自己研究课题相关的文献,看看别人都采用什么类型的势函数,在模拟中对势函数、边界条件、牛顿方程的计算等进行了怎样的处理。然后带着问题去阅读一些MD的入门书籍(我当初入门的书籍是‘分子模拟从算法到应用’)。阅读文献时遇到自己不懂的问题,一定要把他弄清楚,我当初遇到不懂的问题就直接给文章作者发邮件进行咨询,一般老师都是很好的,看到后会给回复并给与一些指导。
把基础知识弄明白之后就可以着手开始编写自己的程序了。程序无外乎就是各种循环语句与选择语句而已,因此对编程语言也没必要进行特别深入的研究,能够满足自己的需要就行。对于分子动力学的编程本质上就是将书本或者相关文献上的各种公式转化为计算机能够识别的语句,因此,对公式的深入了解才是重中之重,公式都没看明白,编出来的程序肯定对不了。此外,我觉得编写程序没必要从最简单的LJ流体进行尝试,应该选一篇与自己研究方向相关的而且相对简单的文献,根据他所给出的条件去编写程序(这样的话你编写的程序就可以直接应用到你所研究的课题了),然后与他的结果进行比对。我感觉对于新手来说,编程没必要太模块化,开始的时候只要能走通就行,当自己对这方面有了足够理解,很容易就可以把程序修改成模块化程序。
自己编程开始的时候确实很难,程序中一个字符的错误有可能都要找很长时间,但是当你将这些困难一点点都克服之后,你对分子动力学就会有一个非常深入的理解了。
也不知道我表达的够不够清楚,有些事情想的很好却表达不清楚。语言功底太差,各位见谅。如果有朋友刚刚开始或者有想自己编写程序的想法,遇到不懂的问题可以跟我交流(我的邮箱是guangpinglei@126.com),虽然我也是一只小菜鸟,但是通过讨论大家肯定都会从中受益的。
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发表于 2012-5-31 22:41:00 | 显示全部楼层
赞一个。很羡慕能自己编程的人了。
说起来了,前段日子我把我的Ar的LJ程序都共享了。你可以参照对照着看看。
有问题可以一起交流。
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 楼主| 发表于 2012-6-1 08:52:00 | 显示全部楼层
2# cuiloveyang
好的,谢谢了,要准备答辩了,等忙完这段时间,一定拜读一下
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发表于 2012-6-1 10:20:00 | 显示全部楼层
GOOD LUCK.
祝顺利
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 楼主| 发表于 2012-6-1 13:31:00 | 显示全部楼层
4# cuiloveyang
Thanks
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发表于 2012-6-3 08:46:00 | 显示全部楼层
赞一个,学习下,以后有问题向你请教
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发表于 2012-6-3 10:18:00 | 显示全部楼层
赞一下,膜拜自己编程的~~
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发表于 2012-6-4 06:42:00 | 显示全部楼层
谢谢分享,正准备学分子动力学!
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发表于 2012-6-5 23:51:00 | 显示全部楼层
正在编程,楼主大牛,多多交流
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 楼主| 发表于 2012-6-11 13:13:00 | 显示全部楼层
9# ercirensheng
我也是个小菜鸟,共同学习吧,呵呵
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