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【求助】 关于amber99sb.ff力场文件参数的单位问题

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发表于 2019-11-23 21:59:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本人刚接触动力学模拟不久,想要自己写脚本计算一下原子的范德华力和静电相互作用,所以去Gromacs中调取了amber99sb.ff力场文件,现在有以下几个问题:

一、aminoacids.rtp文件中:
[ ALA ]
[ atoms ]
     N    N           -0.41570     1
     H    H            0.27190     2
    CA    CT           0.03370     3
    HA    H1           0.08230     4
    CB    CT          -0.18250     5
   HB1    HC           0.06030     6
   HB2    HC           0.06030     7
   HB3    HC           0.06030     8
     C    C            0.59730     9
     O    O           -0.56790    10
[ bonds ]
     N     H
     N    CA
    CA    HA
    CA    CB
    CA     C
    CB   HB1
    CB   HB2
    CB   HB3
     C     O
    -C     N
[ impropers ]
    -C    CA     N     H
    CA    +N     C     O

问题: 原子的部分电荷的单位是什么啊?是库仑还是e?

二、ffnonbonded.itp 文件中:
[ atomtypes ]
; name      at.num  mass     charge ptype  sigma      epsilon
Br          35      79.90    0.0000  A   3.95559e-01  1.33888e+00 ; Converted from parm99.dat
C            6      12.01    0.0000  A   3.39967e-01  3.59824e-01
CA           6      12.01    0.0000  A   3.39967e-01  3.59824e-01
CB           6      12.01    0.0000  A   3.39967e-01  3.59824e-01
CC           6      12.01    0.0000  A   3.39967e-01  3.59824e-01
CK           6      12.01    0.0000  A   3.39967e-01  3.59824e-01


问题:原子范德华半径和肼深这两个参数的单位是什么?

网上google了好多答案,一直没有找到我想要的答案,希望各位大佬可以帮一下!不胜感激!!非常感谢!!
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