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snapshot文件如何打开?

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发表于 2020-1-14 21:46:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hhhnano 于 2020-1-14 23:06 编辑

看到文献说"The last snapshot of MM MD simulations was chosen as the initial QM/MM model;

运行成品模拟获得轨迹快照集:提取产物mm_pbsa.pl extract_coords.mmpbsa > extract_coords.logsnapshot_com.crd.1
snapshot_com.crd.2
snapshot_com.crd.3
....
snapshot_com.crd.99
获得99个快照;选择最后一个文件snapshot_com.crd.99,重命名为snapshot_com.crd,用VMD打不开.先打开prmtop文件,再打开Crd 文件,也显示不了,选择NETCDF文件也不行;
看到论坛里面有打开方法:http://www.mdbbs.org/forum.php?mod=viewthread&tid=31023&highlight=SNAPSHOTvmd先读取pdb文件,或psf文件,然后再读取dcd(轨迹文件)到pdb(或psf)文件上,即可看各snapshot
问题是,打开的是PDB文件,后面打开CRD文件,看不出来是否打开?


还有用vmd打开prmtop文件,再打开mdcrd文件(选择NETCDF),结构蛋白跑的飞快,如何提取最后一贞?是不是等mdcrd文件读入完毕,蛋白结构停止运动,选择这时候的frames(最后一个)作为QM/MM的初始结构?

另外,看有的教程说取平衡结构作为QM/MM的初始结构,而不是产物结构作为QM/MM的初始结构,不知哪一个对?




请教各位,非常感谢!


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 楼主| 发表于 2020-1-15 22:29:59 | 显示全部楼层
解决问题了。
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