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使用MolAICal和Autodock Vina两步实现对Mpro蛋白的虚拟筛选

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发表于 2020-8-22 20:21:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 namd2 于 2020-9-2 22:08 编辑

使用MolAICalAutodock Vina两步实现对Mpro蛋白活性口袋的虚拟筛选

更多教程(含英文教程)请见如下:
MolAICal官方主页:https://molaical.github.io
MolAICal 文章介绍:https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal blogspothttps://qblab.blogspot.com

1.简介
在本教程中,介绍了使用已知数据库(如ZINC数据库等)对Mpro活性口袋进行快速药物虚拟筛选的方法。本教程学习的前提是你会用Autodock Vina处理蛋白质结构。如果你对蛋白质结构处理不熟悉,可以参考如下网站所提供的教程: https://github.com/MolAICal/documents/tree/master/tutorials/002-AIVS

2.工具
2.1. 所需软件下载地址
2.2. 操作示例文件
1)所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载:
2)“ligandSet.mol2”文件包含16个从ZINC数据库中选择的配体作为示例。你也可以选择其它数据库进行练习。
3)使用PDBQT格式的Mpro蛋白质文件“pro.pdbqt”用来做分子对接。

3.操作流程
转至教程目录:
#>cd 003-VS
1. 将配体分子集“ligandSet.mol2”分割成单个分子文件。如果你所选的药物数据库已经被分割成了单个分子文件,这一步可以省略。
  1. #> molaical.exe -tool split -w split -n 1 -v true -i ligandSet.mol2 -o splitdir
复制代码

2.运行虚拟筛选命令。
  1. #> molaical.exe -dock vs -i splitdir -nc 3
  2. -nc: 代表CPU核心数。
复制代码

4.结果
你可使用OpenBabelPDBQT格式转化为PDB格式。然后在UCSF Chimera中打开查看结果。本教程使用Pymol软件展示结果(如图1所示)。筛选配体和输出结果在名为 “splitdir”的目录里。对接的配体名称中含有“_out.pdbqt”字符。图1显示了筛选的分子和Mpro的配体N3在活性口袋的结合情况。
1. 绿色配体N3SARS-CoV-2 Mpro蛋白的抑制剂。黄色配体是由虚拟筛选得到的。

注意: 如果你想安装Pymol,请打开:https://molaical.github.io/tutorial.html,参考教程:Tutorials of 3D drug design by AI and virtual screening method

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