分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
查看: 805|回复: 0

[QSAR] 使用MolAICal进行药物的QSAR计算

[复制链接]

6

主题

6

帖子

51

积分

注册会员

Rank: 2

积分
51
发表于 2020-8-23 00:05:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 namd2 于 2020-9-1 00:48 编辑

使用MolAICal进行药物的QSAR计算

更多教程(含英文教程)请见如下:
MolAICal官方主页:https://molaical.github.io
MolAICal 文章介绍:https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal blogspothttps://qblab.blogspot.com

1.简介
药物的定量构象关系(QSAR)包含线性回归和分类,在本教程中选用STAT3蛋白靶点的药物分子作为研究对象;STAT3是治疗癌症的一个重要蛋白靶点,研究STAT3药物的属性,有助于设计合理的抗癌药物。

2.工具
2.1. 所需软件
注意:除了用DRAGON算药物分子的描述符外,DRAGON属于商业软件,你可以使用任何合适的软件算分子的描述符。
2.2. 操作所需的示例文件
1)本教程所需的教程文件可以从以下网址下载:  

3.步骤
3.1. 计算分子描述符
1) 打开DRAGON软件,然后在文件夹“006-QSAR/ligands”中导入配体文件(如图1所示),本教程的配体文件是.hin格式的文件,.hin格式的文件是经过HyperChem软件优化过后的默认文件格式。你也可以优化自己的配体分子,然后保存成Sybyl Mol2格式的文件用于进一步的计算。
1. 使用DRAGON计算分子描述符
注意:你可以在这个数据库中检索蛋白受体的配体分子: www.guidetopharmacology.org等。

2)将药物分子描述符保存并命名为“QSARMolDes.txt” (如图2所示)
2. 保存并命名文件为“QSARMolDes.txt”

3)使用Excel打开“QSARMolDes.txt”文件并设置相关参数(如图3所示)。
3. Excel中设置QSAR的参数
你必须在“QSARMolDes.txt”中严格按照格式设置参数,在第二行的第一个数字是用于QSAR计算的配体分子数;在第三行上的字符“on”代表指定了训练集和验证集,第四行是训练集的序号,第五行是验证集的序号,此序号对应文件“QSARMolDes.txt”底下配体的序号(如图3所示)。如果第三行是”off”,则使用留一验证法(LOO)进行QSAR的计算,在这种情况下,第四、五行的数字可以省略,MolAICal自动使用留一法指定训练集与验证集进行运算(请参考示例文件:“QSARMolDes_LOO.txt”)。除此之外,实验值如pKd等应该加到第三列中(如图3所示)

3.2. QSAR计算
运行如下命令:
  1. #> molaical.exe -qsar GA -i QSARMolDes.txt

  2. #> molaical.exe -qsar GA -i QSARMolDes_LOO.txt
复制代码

假如你想了解更多的QSAR参数,请参考MolAICal的说明书。本教程仅仅包括10个配体。当Q2的运算值已经满足你的研究目的,你可以通过“Ctrl + C”快捷键终止MolAICal的运行。最后的结果保存在“QSAROutFile.dat”文件中,打开“QSAROutFile.dat”,其具体运算结果的信息如下:

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|分子模拟论坛

GMT+8, 2021-11-28 03:51 , Processed in 0.062385 second(s), 23 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表