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UBUNTU下编译LAMMPS并测试DUMP图片命令

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发表于 2012-1-14 14:19:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 bianjianjun 于 2012-1-14 14:41 编辑
在自己的笔记本上安装了一下LAMMPS,并测试了一下新命令dump image
操作系统:UBUNTU 11.04, 已安装g gfortran
和大家分享一下,希望有用
1、fftw的安装(记得下载fftw-2.1.5版本)
gunzip fftw-2.1.5.tar.gz
tar xvf fftw-2.1.5.tar  
cd ~/fftw-2.1.5   
./configure -prefix=/opt/fftw215 -enable -float
make  
make install (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw215下)
2、mpich的安装
gunzip mpich2-1.0.2p1.tar.gz
tar xvf mpich2-1.0.2p1.tar
cd ~/mpich2-1.0.2p1   
./configure -prefix=/opt/mpich2
make      
make install (mpich即安装在/opt/mpich2下)
3、jpeg的安装
下载地址:http://www.ijg.org/files/jpegsrc.v8c.tar.gz
gunzip jpegsrc.v8b.tar.gz
tar xvf jpegsrc.v8b.tar   
cd ~/jpeg-8c           
./configure -prefix=/opt/jpeg8
make      
make install    (jpeg即安装在/opt/jpeg8下)
4、解压lammps数据包:
gunzip lamps.tar.gz
tar xvf lamps.tar
打开 src/MAKE文件夹下的 Makefile.g, 做相应的修改
#=======================MAKEFILE========================================
# g = RedHat Linux box, g4, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh   
# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler
CC =        g
CCFLAGS =    -g -O # -Wunused
DEPFLAGS =    -M
LINK =        g
LINKFLAGS =    -g -O
LIB =   
ARCHIVE =    ar
ARFLAGS =    -rc
SIZE =        size
# ---------------------------------------------------------------------
# LAMMPS-specific settings
# specify settings for LAMMPS features you will use
# if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean"
# LAMMPS ifdef settings, OPTIONAL
# see possible settings in doc/Section_start.html#2_2 (step 4)
LMP_INC =    -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG
# MPI library, REQUIRED
# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 5)
# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
# PATH = path for MPI library
# LIB = name of MPI library
#======================================================
# 第一部分:
#======================================================
#MPI_INC =   -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/opt/mpich2/include
MPI_INC =  -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/opt/mpich2/include  #需要核对自己的路径
MPI_PATH =      -L/opt/mpich2/lib          #
MPI_LIB =     -lmpich -lmpl -lpthread
# FFT library, OPTIONAL
# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 6)
# can be left blank to use provided KISS FFT library
# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings
# PATH = path for FFT library
# LIB = name of FFT library
#======================================================
# 第二部分:              
#======================================================
FFT_INC =      -DFFT_FFTW -I/opt/fftw215/include  #需要核对自己的路径
FFT_PATH =     -L/opt/fftw215/lib         #   
FFT_LIB =    -lfftw
# JPEG library, OPTIONAL
# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 7)
# only needed if -DLAMMPS_JPEG listed with LMP_INC
# INC = path for jpeglib.h
# PATH = path for JPEG library
# LIB = name of JPEG library
#======================================================
# 第三部分:           
#======================================================
JPG_INC =   -I/opt/jpeg8/include      #需要核对自己的路径
JPG_PATH =     -L/opt/jpeg8/lib        #
JPG_LIB =    -ljpeg
# ---------------------------------------------------------------------
# build rules and dependencies
# no need to edit this section
include    Makefile.package.settings
include    Makefile.package
EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)
EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)
EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB)
# Link target
$(EXE):    $(OBJ)
    $(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)
    $(SIZE) $(EXE)
# Library target
lib:    $(OBJ)
    $(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
# Compilation rules
%.o:%.cpp
    $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $ $@
# Individual dependencies
DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
sinclude $(DEPENDS)
#==========================================
5、测试dump image 命令
将生成的可执行文件拷贝到 example/indnent文件夹下,
将dump atom 改为 dump image
#dump         1 all atom 250 dump.indent
dump         1 all image 1000 image.*.jpg type type zoom 1.6 adiam 1.5
dump_modify     1 pad 5
在终端输入:
lmp_g < in.indent
即可执行。随着模拟过程的进行,在文件夹下可以看到连续生成结果图片
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发表于 2012-1-18 22:35:00 | 显示全部楼层
请教楼主最新版的lammps里user-atc和user-awpmd包是自动安装的吗,我用的版本user-atc和user-awpmd包要单独修改makefile单独编译,我在u11下一直没编译通过
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发表于 2012-5-30 12:25:00 | 显示全部楼层
谢谢楼主
不过,fftw可以安装fftw-3版,只要把makefile中的“_DFFT_FFTW"改为"_DFFT_FFTW3";”-lfftw"改为“-lfftw3”即可
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发表于 2012-8-16 06:53:00 | 显示全部楼层
请教楼主为什么我在ubuntu12.04版本无法安装在opt目录下呢?
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