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粗粒化模拟,粗粒化粒子在VMD中显示是一个一个孤立,不成建?

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发表于 2011-11-1 11:11:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
粗粒化模拟,粗粒化粒子在VMD中显示是一个一个孤立,不成建?该如何解决呢?
gromacs官网http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/VMD中有解决此问题的corse_grain.tcl
但苦于对VMD中tcl语言使用的有限,希望各位能帮我看看,谢谢了!
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发表于 2011-11-1 20:51:00 | 显示全部楼层
不是不成键,而是vmd读取的gromacs 文件的.gro 和.trr 文件没有拓扑信息。
同样的粗粒化模型,如果你做成NAMD的坐标文件(PDB)和拓扑文件(PSF),再读入到VMD就能看到成键信息了。
在gromacs中,只要你的力场参数文件正确,VMD看不到成键信息无所谓。
个人认识有限,还请各位大牛多多指教
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 楼主| 发表于 2011-11-1 21:38:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 sheva7love 于 2011-11-1 21:41 编辑
2# jiaoyixiong
非常感谢你的解惑, 知道问题在哪了,收获很大,谢谢!
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发表于 2011-11-2 07:15:00 | 显示全部楼层
谢谢分享!
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发表于 2011-11-22 10:43:00 | 显示全部楼层
2# jiaoyixiong
笔误吧,psf 是结构文件,拓扑文件是top
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发表于 2011-11-30 18:04:00 | 显示全部楼层
2# jiaoyixiong
非常感谢你的解惑, 知道问题在哪了,收获很大,谢谢!
sheva7love 发表于 2011-11-1 21:38
我也遇到了同样的问题,可否具体讲一下你得解决过程呀?
我有用top2psf.pl讲top转成psf,但是VMD无法读入呀!!!!
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 楼主| 发表于 2011-11-1 21:38:00 | 显示全部楼层
6# maplem
是这样的,用top2psf得到psf文件后,不直接用VMD读psf文件。
还是先读入gro文件,再用 load data into molecules 将psf文件载入,就可以看到成键信息了。
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发表于 2011-12-1 09:56:00 | 显示全部楼层
6# maplem
是这样的,用top2psf得到psf文件后,不直接用VMD读psf文件。
还是先读入gro文件,再用 load data into molecules 将psf文件载入,就可以看到成键信息了。
sheva7love 发表于 2011-12-1 09:56
连gro文件都不让读入!!!我都要晕了。是不是还有哪个细节我没有注意到呀
Failed to find registry key.
Info) VMD for WIN32, version 1.8.7 (August 1, 2009)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info)  Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info)  Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) Free system memory: 4095MB (100%)
Info) OpenGL renderer: Quadro FX 580/PCI/SSE2
Info) Features: STENCIL MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVF)
Info) Full GLSL rendering mode is available.
Info) Textures: 2-D (8192x8192), 3-D (2048x2048x2048), Multitexture (4)
Info) Spaceball driver not installed.Spaceball interface disabled.
Info) No joysticks found.Joystick interface disabled.
Found 68 plugins or data handlers in directory
  'D:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD/plugins/WIN32/molfile
'.
Info) File loading in progress, please wait.
gromacsplugin) Cannot read header fromm 'C:\Documents and Settings\Administrator
\Desktop\CGnanotube\1FC1.gro', file does not match format
ERROR) Could not read file C:\Documents and Settings\Administrator\Desktop\CGnan
otube\1FC1.gro
ERROR) Loading of startup molecule files aborted.
vmd >
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 楼主| 发表于 2011-12-1 17:46:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 sheva7love 于 2011-12-1 19:58 编辑
8# maplem
你之前的gro文件能用vmd显示吗?这个没有修改gro文件,要是你的gro文件之前一直能显示那就没问题。
不行的话就是gro文件的格式问题吧。上面有显示“ file does not match format”
我之前的粗粒化gro文件是一个一个的粒子,一直能显示,加载psf后选择CPK模式,就能看到原子之间的键了。
您再检查检查gro文件,是不是真的是一些格式小问题出了错。
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发表于 2011-12-1 09:56:00 | 显示全部楼层
需要一个小小的插件来实现,这个插件可在此处下载:
http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads/tools/163-rbc
然后,将此TCL插件,放在VMD安装目录下,同时也把所有的itp与系统top文件放在此目录下,然后在控制台界面用如下命令:
sourced:/programs/VMD/cg-bonds.tcl
cg_bonds –top XXX.top –topoltype “martini”
就可以了,见上图右图。这个图正确的显示说明了个问题:1)分子itp文件没有错,2)坐标文件也合理。
注:要实现这个,要确保itp与top是正确的。
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